в конференц-зале ИОГен РАН состоится лекция-семинар на тему:
Современное общедоступное программное обеспечение для биостатистических вычислений
Никита Николаевич Хромов-Борисов
доцент каф. физики, математики и информатики
СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова (Санкт-Петербург)
1. Общестатистическое ПО
R, AtteStat, PAST, Instat+, LePAC, LePrep, G*Power, WinBUGS, ISW
2. Генетико-популяционное ПО
GENEPOP, GenAlEx, PowerMarker, Arlequin, GDA, ABOestimator.
Приглашаются все желающие, в особенности аспиранты и молодые сотрудники.
Просьба придти со своими ноутбуками с заранее установленными программами.
Список программ и ссылок, составленный Н.Н.Хромовым-Борисовым, необходимых для практического освоения на семинаре (коллекция свободно распространяемого ПО).
Общий объем программ — около 270 МБ.
Для планируемых занятий по современным статистическим и популяционно-генетических программ необходимо скачать и установить на свой компьютер новейшие версии следующих программ:
X SHOW LED EDITOR ИНСТРУКЦИЯ НА РУССКОМ+программа
Если на компьютере находятся более ранние версии, то перед установкой свежих версий старые версии лучше всего удалить (т.е. не записывать новые версии поверх старых).
1.R — свободная программная среда для вычислений с открытым исходным кодом
2.RStudio — интегрированная среда разработки
3.Программа анализа данных AtteStat, 32-разрядная (64-разрядная плохо работает)
Программа устанавливается как надстройка к Excel, поэтому перед ее установкой должны быть закрыты все экселевские страницы.
Там же стоит скачать очень полезное мощное 500-страничное «Руководство пользователя»:
Это одна из немногих программ, для которой свободно доступен также исходный текст программы:
Автор считает, что в публикациях достаточно ссылаться на его сайт, но, но некоторые научные журналы не принимают такие ссылки, и поэтому я бы рекомендовал, кроме ссылки на сайт программы, ссылаться и на его статью:
Гайдышев И.П. Статистика в публикациях // «Гений ортопедии», 2005. — №4. — С. 155-161.
4.PAST – пакет программ для анализа данных
Программа не требует инсталляции, ею можно пользоваться даже на флэшке.
Там же следует скопировать полезное руководство
Там же можно скопировать некоторые дополнительные обучающие материалы и примеры.
Авторы постоянно совершенствуют программу PAST и расширяют ее возможности, поэтому полезно подписаться на рассылку новостей и обсуждений (число подписчиков достигает почти 1700):
В публикациях авторы просят ссылаться на:
Hammer, Ø., Harper, D.A.T., Ryan, P.D. 2001. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica, 2001. – Vol. 4. – No. 1: 9pp. http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
5.Instat+, статистический пакет общего назначения
Там же доступно руководство
Не путать с довольно примитивной программой InStat (http://www.graphpad.com/scientific-software/instat/) от фирмы GraphPad, выпускающей полезную, но коммерческую программу Prism (http://www.graphpad.com/)
Программа Митчелл (Parts and Labor) инструкции на русском
6.LePAC – программа для статистического анализа экспериментальных данных, посвященная в основном бейзовским методам
Для предпочитающих французский язык там же доступна французская версии программы.
Полезно также ознакомиться с публикациями автора на этом сайте.
7.LePrep – «вероятности воспроизведения и статистические предсказания»
Для владеющих французским языком там же доступна французская версия.
8.Программа G*Power для анализа мощности статистических критериев
Для ссылок авторы просят цитировать одну из двух или обе статьи, доступные на сайте:
Faul F., Erdfelder E., Buchner A., Lang A.-G. Statistical power analyses using G*Power 3.1: Tests for correlation and regression analyses // Behavior Research Methods, 2009. – Vol. 41. – P. 1149-1160.
Faul F., Erdfelder E., Lang A.-G., Buchner A. G*Power 3: A flexible statistical power analysis program for the social, behavioral, and biomedical sciences // Behavior Research Methods, 2007. – Vol. 39. – P. 175-191.
Руководство к программе организовано не слишком удобно в виде вэб-страниц: оно состоит из трех глав, каждая из которых разбита на мелкие вэб-страницы:
На сайте доступны также ссылки на работы, иллюстрирующие различные применения программы G*Power; некоторые из них представлены в виде электронных копий.
9.GENEPOP – мощный пакет генетико-популяционных программ
Программа не требует ирсталляции.
При цитировании ссылаться на:
Rousset F. genepop’007: a complete re-implementation of the genepop software for Windows and Linux // Molecular Ecology Resources, 2008. – Vol. 8. – No. 1. – P. 103–106.
10.Reference Value Advisor – надстройка для Excel с макросами для вычисления референсных интервалов.
При цитировании следует ссылаться на
Geffré A., Concordet D., Braun J.P., Trumel C. Reference Value Advisor: a new freeware set of macroinstructions to calculate reference intervals with Microsoft Excel // Vet. Clin. Pathol., 2011. – Vol. 40. – N0. 1. – P. 107-112.
Статья свободно доступна:
11.Популяционно-генетическая программа GenAlEx — генетический анализ в Excel.
К ней прилагается 131-страничное руководство
Peakall R., Smouse P.E. (2012) GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update // 2012. Bioinformatics, 2012, In press.
Статья свободно доступна:
12.PowerMarker – набор статистических методов для всестороннего анализа данных о генетических маркерах
Здесь же можно скачать руководство к программе:
Перед установкой этой программы требуется установить Microsoft .NET Framework, но не новейшие версии, а 1.1.4322:
Без нее PowerMarker не работает.
13.Arlequin – интегрированное программное обеспечение для анализа генетико-популяционных данных
Не требует инсталляции.
Excoffier L., H.E. L. Lischer H.E.L. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform
population genetics analyses under Linux and Windows // Molecular Ecology Resources, 2010. – Vol. 10. – No. 3. — P. 564-567.
14.GDA – анализ генетических данных
Создана как сопровождение для книги Б.С. Вейра «Анализ генетических данных» («Genetic Data Analysis» by Bruce S. Weir, 1996, Sinaur Associates)
15.Обучающая программа Winstats – русская версия
16.WinBUGS – гибкое программное обеспечение для бейзовского анализа сложных статистических моделей с использованием методов Монте-Карло на марковских цепях
После установки требуется скопировать и установить заплатку (patch):
Ссылка для цитирования:
Lunn D.J., Thomas A., Best N., Spiegelhalter D. (2000) WinBUGS — a Bayesian modelling framework: concepts, structure, and extensibility // Statistics and Computing, 2000. – Vol. 10. – P. 325—337.
Некоторые программы работаю посредством вызова WinBUGS из среды R.
Для этого в R требуется установить пакет R2WinBUGS:
Легче всего это осуществляется в интегрированной среде RStudio.
17.OpenBUGS – дальнейшее развитие WinBUGS
Для вызова из среды R следует в R установить пакет R2OpenBugs:
Другой вариант – установить в R пакет BRugs:
13.S2 ABOestimator – оценка аллельных частот и проверка согласия с РХВ в системе групп крови AB0
14.ISW — Статистический анализ интервальных наблюдений одномерных непрерывных случайных величин
Руководитель семинара проф. С.К. Абилев
- Институт
- Дирекция
- Подразделения
- Библиотека
- Журнал «Генетика»
- ИОГен в СМИ
- Противодействие коррупции
- Вакансии научных работников
- Политика ИОГен РАН в отношении обработки персональных данных
- Об организации системы внутреннего обеспечения соответствия требованиям антимонопольного законодательства
- Контакты
- Ученый совет
- Диссертационный совет
- По генетике и селекции
- Этический комитет
- Совет молодых ученых
- Программы и проекты
- Публикации
- Конференции и школы
- Семинары
- Конкурсы
- Базы данных
- Об институте
- Награды
- Музей Н.И. Вавилова
- Комиссия по сохранению и разработке научного наследия академика Н.И. Вавилова Российской академии наук
- Музей-кабинет ак. Н.П. Дубинина
- Мемориальные страницы
- Аспирантура
- Соискательство
- УНЦ
- МФТИ
- МГУ
- СПбГУ
- ТСХА
- НОЦ
- Лекции
- Студентам
- Учебные материалы
- Приемная кампания в аспирантуру 2023
- Абитуриентам 2022
- Крупное оборудование
- Программное обеспечение
- Полезные ссылки
- Телефоны
- Реквизиты
- Финансовая служба
- Контрактная служба
- Командировки
- Отдел кадров
- Нормативные документы
- Формы внутренних документов
- Лист согласования
- Вакансии научных работников
- Из истории биологии c участием ИОГен: James V. Neel and Yuri E. Dubrova
Редколлегия сайта www.vigg.ru
Регламент сайта
Программирование: А. Соколов
При полном или частичном использовании материалов ссылка на vigg.ru обязательна
Источник: www.vigg.ru
PAST 1.71
Past — бесплатное программное обеспечение для анализа научных данных, функции для манипулирования данными, построение графика, одномерная и многомерная статистика, экологический анализ, временные ряды и пространственный анализ, морфометрия и стратиграфия.
Первоначально эта программа была разработана в качестве последующего решения для PALSTAT, программного пакета для анализа палеонтологических данных, написанного P.D. Райан, Д.А.Т. Harper и J.S. Whalley (Ryan et al., 1995). Благодаря непрерывному развитию в течение более двадцати лет, PAST превратился в всеобъемлющий пакет статистики, используемый не только палеонтологами, но и во многих областях науки о жизни,
инженерии и экономике.
Дальнейшие объяснения многих методов, реализованных вместе с историями событий, можно найти в книге «Анализ палеонтологических данных» (Hammer https://mirsofta.ru/index.php?id=1247360465″ target=»_blank»]mirsofta.ru[/mask_link]
Как прочитать закрытые уведомления на смартфоне
Панель уведомлений — удобный и часто используемый компонент системы Андроид. Ежедневно приходится просматривать оповещения от почты, мессенджеров, игр или будильника. Одни разбирают их вручную, другие нажатием на одну кнопку убирают все сразу. Если вы зачастую случайно удаляете важные уведомления, то с Past Notifications проблема решится быстро.
Что из себя представляет приложение Past Notifications
Абсолютно бесплатная программа Past Notifications для работы с уведомлениями на Андроид. Главным ее преимуществом смело можно считать способность хранения более двух тысяч уведомлений в своей памяти. Речь идет о тех, которые ранее появились на вашем гаджете, но потом вы их случайно удалили или скрыли. Кроме того, все уведомления будут отображаться в полном виде. А также появится возможность их сортировки.
Как пользоваться приложением
После скачивания Past Notifications во время первого запуска от вас потребуется дать разрешение приложению работать на вашем мобильном устройстве. Связано это с тем, что программа каждый раз будет запрашивать все уведомления в специальном окне, а затем их сохранять. Как правило, для этого необходимы ROOT-права (или права суперпользователя).
Когда вы установите приложение, на панели уведомлений появится кнопка с одноименным названием Past Notifications. Она предназначена для быстрого доступа к истории. При нажатии на эту кнопку вам откроется удобный интерфейс и список оповещений с датой, временем поступления и небольшим содержимым для каждого из них.
Кроме того, перед вами появятся три вкладки, именно с ними предстоит работать в данном приложении. В первой отображается полная история, которая настраивается на определенное количество сохраняемых записей. Вторая вкладка для удобства группирует сообщения согласно приложениям, от которых они приходят.
Если вы нажмете здесь на любое оповещение, то незамедлительно перейдете к программе-источнику — возможность, которой не хватает встроенному журналу. А вот третья вкладка — черный список, чтобы система могла игнорировать любую информацию от этих программ. Последнее особенно важно, так как позволяет блокировать навязчивые оповещения от Play Store и остальных подобных программ. Если появится необходимость, можно в любое время разблокировать их.
В самом приложении настроек нет так много. Past Notifications позволяет выбрать количество видимых оповещений в списке и отключить иконки, показанные в строке состояния, а также кнопки на соответствующей панели. Программа отображает рекламу, но от нее вы сможете избавиться путем приобретения платной версии в настройках. Имейте в виду, что есть определенный нюанс с качеством локализации. В приложении немного текста, переведенного с английского языка машиной, поэтому имеются ошибки.
Но есть один минус
У данного приложения есть всего лишь один недостаток. Заключается он в том, что вы сможете увидеть историю любых уведомлений, которые появлялись после установки программы. Все, что было удалено до начала пользования приложением, не будет показано.
В Андроиде имеется встроенное средство для вывода истории оповещений. Только оно не отличается удобством и информативностью. Поэтому с ним сложно работать как с полноценным журналом. Для этого подойдет Past Notifications, приложение отлично компенсирует все недостатки системы и будет полезным помощником для работы с отображаемыми данными.
Источник: ipadstory.ru