Расчет биологической активности соединений в программе pass online Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»
Аннотация научной статьи по фундаментальной медицине, автор научной работы — Панина О.О., Газетдинов Р.Р.
В рамках интеграции межвузовской науки, проведено исследование по компьютерному скринингу ряда потенциально биологически активных соединений, с целью выявления их фармакологической ценности. Программный пакет PASS , использующий методы Байесовской вероятности, позволил установить возможную биологическую активность выбранных соединений.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Похожие темы научных работ по фундаментальной медицине , автор научной работы — Панина О.О., Газетдинов Р.Р.
Профессиональный библиограф составит и оформит по ГОСТ список литературы для вашей работы
Определение содержания ликопина в природном сырье
Определение содержания бетулина в коре берез рода Betula
Определение содержания микроэлементов в спортивных пищевых добавках методом атомно-абсорбционной спектроскопии
Последний пароль в вашей жизни. Обзор программы last pass
Синтез и прогноз биологической активности производных 2-[5-бром-3-оксо-2-(тиетанил-3)-1,2,4-триазолил-4]уксусной кислоты
Прогноз спектра биологической активности органических соединений
i Не можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Текст научной работы на тему «Расчет биологической активности соединений в программе pass online»
студент 4 курса БФ БашГУ, г. Бирск, РФ Р.Р. Газетдинов канд. хим. наук, доцент БФ БашГУ,
РАСЧЕТ БИОЛОГИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТИ СОЕДИНЕНИЙ В ПРОГРАММЕ PASS ONLINE
В рамках интеграции межвузовской науки, проведено исследование по компьютерному скринингу ряда потенциально биологически активных соединений, с целью выявления их фармакологической ценности. Программный пакет PASS, использующий методы Байесовской вероятности, позволил установить возможную биологическую активность выбранных соединений.
Ключевые слова: компьютерный скрининг, биологическая активность, дескриптор, PASS
Новые лекарственные препараты находят путем скрининга больших количеств вновь синтезируемых соединений, выбирая для длительных медико-биологических анализов только те, которые более эффективны по их прямому назначению и наименее вредны по их побочному влиянию на организм. Тем временем, большая часть новых соединений оказывается в ряду неперспективных для фармакологии из-за ряда причин: высокой токсичности, низкой растворимости в воде, тератогенности, мутагенности, опасного влияния на организм продуктов распада и других неблагоприятных факторов. [1]
Целью исследования является компьютерное прогнозирование спектра биологической активности органических соединений, что на сегодняшний день актуально и востребовано. В последние годы при прогнозировании физиологических свойств активных веществ используются математические методы и компьютерные технологии в решении задачи установления связи между структурой вещества и прогнозированием свойств новых синтезированных соединений. Актуальным является возможность оценивать физико-химические свойства непосредственно по структурной формуле соединения с помощью, так называемых дескрипторов. Сравнение этих параметров синтезированных соединений, полученных в результате расчетов, позволяет оценить вклад той или иной физико-химической характеристики в разрабатываемую деятельность и лучше понять механизм действия препарата.
Gambas Al Ajillo (Испанские чесночные креветки)
Мощным набором методов компьютерного прогнозирования биологической активности химических соединений являются методы, основанные на Байесовской вероятности. Программный пакет PASS — это программа, способная прогнозировать спектры биологической активности уже известных на сегодняшний день химических соединений. Она доступна как режиме онлайн, так и в свободном виде (оценка более 4000 видов биологической активности для этой связи) и в виде постоянно обновляемой лицензионной версии, для которой доступен анализ более 65 000 видов биологической активности для конкретного соединения. [2]
Подход, применяемый в PASS для прогнозирования биологической активности того или иного химического соединения, базируется на предположении, что Активность = Структура, а структура соединения, в свою очередь, описывается ее отдельными функциональными элементами (дескрипторами) — радикалами, функциональными группами атомов.
В рамках совместной лаборатории Бирского филиала БашГУ и УфИХ РАН ведутся исследования стратегий синтеза новых биологически активных производных различных соединений. Для повышения эффективности работ проводится предварительный компьютерный скрининг выбранных структур. [3,4] С целью выявления потенциальных биологически активных веществ были выполнены
компьютерные расчеты с использованием программы PASS-Online. Было выявлено, что следующие соединения, возможно, проявляют биологическую активность с высокой вероятностью.
1) Ра = 0,668, как циклический ингибитор фосфодиэстеразы АМР;
2) Ра = 0,621, как стимулятор агрегации тромбоцитов;
3) Ра = 0,604, как противометастатическое (принимает участие для лечения больных с метастазирующими опухолями).
1) Ра = 0,692, как циклический ингибитор фосфодиэстеразы АМР;
2) Ра = 0,616, как кардиотоническое средство (повышают силу сокращений сердца и применяются при сердечной недостаточности).
3) Ра = 0,603, как противометастатическое средство.
1) Ра = 0,671, как ингибитор фосфатазы;
2) Ра = 0,591, как противометастатическое средство.
Таким образом, проведены расчеты биологической активности ряда соединений, найдены
соединения представляющие интерес для синтеза и апробации в фармакологии. Список использованной литературы:
1. Гуревич П.А., Сатарова Л.Ф., Струнин Б.П. Введение в химию биологически активных соединений. Казань: Изд-во КГТУ, 2008. 108 с.
2. Predictive services PASS online [Электронный ресурс]. — Режим доступа: http://www.pharmaexpert.ru/PASSOnline/index.php, свободный. — (дата обращения: 22.12.2019).
3. Газетдинов Р.Р., Семенова Т.В. Расчет биологической активности азотсодержащих органических соединений в программе PASS // Доклады Башкирского университета. 2019. Т. 4. № 1. С. 32-34.
4. Газетдинов Р.Р. Компьютерный скрининг биологической активности азотсодержащих макрогетероциклов // Современные тенденции в биологических науках XXI века: материалы IV Всероссийской научно-практической конференции. Бирск. Бирский филиал БашГУ. 2019.
С. 208-213.
студент 4 курса БФ БашГУ, г. Бирск, РФ Г.Х. Абдулгафарова студент 2 курса БФ БашГУ, г. Бирск, РФ Р.Р. Газетдинов канд. хим. наук, доцент БФ БашГУ,
ОПРЕДЕЛЕНИЕ СОДЕРЖАНИЯ ЛИКОПИНА В ПРИРОДНОМ СЫРЬЕ
i Не можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
Ликопин, являющийся сильным природным антиоксидантом, применяется для профилактики онкологических заболеваний, например, за счет механизма защиты лимфоцитов от действия пероксидов. В современной фармакологии, его можно часто встретить в составе различных биологически активных добавок. Исследование содержания ликопина в природных объектах представляет несомненный интерес не только с целью его получения, но и возможности оценки употребляемого количества в рационе питания человека.
ликопин, экстракция, томаты, рябина, арбуз.
Ликопин — каротиноидный пигмент красного цвета, определяющий красно-оранжевую окраску плодов некоторых растений, например томатов, гуавы, арбуза, рябины и т.д. Кристаллическое соединение нерастворимое в воде.
Молекулярная формула: C40H56.
Структурная формула ликопина:
Источник: cyberleninka.ru
Знакомьтесь, pass
Я много лет искал подходящую мне хранилку паролей и недавно наткнулся на Pass на HackerNews. Идея хранить пароли в git-репозитории может выглядеть странно, но в целом это неплохая идея, потому что:
- Я держу гит-репозиторий локально у себя на компе
- Все пароли защищены GPG шифрованием, поэтому даже при получении SSH-доступа к моему компьютеру утечка не повлияет на безопасность
Делюсь с вами переводом приветственной странички Pass.
Управление паролями должно быть простым и следовать философии Unix. Используя pass, каждый Ваш пароль находится внутри зашифрованного файла gpg, имя которого совпадает с именем ресурса или веб сайта к которому данный пароль привязан. Эти зашифрованные файлы могут быть организованы в удобные иерархии папок, скопированы с носителя на носитель и, в общем, обработаны с помощью любых утилит управления файлами командной строки.
С pass управлять отдельными файлами паролей становится крайне просто. Все пароли хранятся в ~ / .password-store, а pass предоставляет несколько удобных команд для добавления, редактирования, генерации и получения паролей. Это очень короткий и простой Shell скрипт. Он способен временно помещать пароли в буфер обмена и отслеживать изменения паролей с помощью git.
Вы можете редактировать хранилище паролей, используя стандартные команды оболочки unix вместе с командами pass. Нет никаких необычных форматов файлов или новых парадигм для изучения. Присутствует bash completion, так что вы можете просто нажать Tab для быстрого заполнения имени или команды,, а также подсказки для zsh и fish, доступных в папке /completion. Очень активное сообщество пользователей pass создало множество необычных клиентов и графических интерфейсов для разных платформ, а также расширений для самого pass.
Команды pass подробно описана на странице руководства.
Как используется хранилище паролей
Мы можем перечислить все существующие пароли в хранилище:
Мы так же можем отображать пароли:
Или скопировать их в буфер:
Появится удобный диалог ввода пароля с использованием стандартного gpg-агента (который может быть настроен на поддержание сессии в течение нескольких минут), поскольку все пароли зашифрованы.
Мы можем добавить существующие пароли в хранилище с помощью insert:
Эта функция так же работает с многострочными паролями или другими данными с помощью —multiline или -m, а пароли можно редактировать в текстовом редакторе по умолчанию, используя pass edit pass-name.
Утилита может генерировать ( generate ) новые пароли, используя / dev / urandom:
Можно сгенерировать пароли без символов, используя —no-symbols или -n, а так же скопировать его в буфер обмена вместо того, чтобы отображать его в консоли, используя —clip или -c.
Конечно же, пароли можно удалить:
Если хранилищем паролей выступает репозиторий git, поскольку каждая манипуляция создает фиксацию git, вы можете синхронизировать хранилище паролей с помощью pass git push и pass git pull, которые вызывают git-push или git-pull в хранилище.
Вы можете прочитать больше примеров и функций на здесь.
Настройка
Для начала есть одна команда для инициализации хранилища паролей:
Здесь ZX2C4 Password Storage Key — это идентификатор ключа GPG. Вы можете использовать свой стандартный ключ GPG или использовать альтернативный, специально для хранилища паролей, как показано выше. Можно указать несколько ключей GPG для использования pass в группе, а разные папки могут иметь разные ключи GPG с помощью -p.
Мы можем дополнительно инициализировать хранилище паролей как репозиторий git:
Если репозиторий git инициализирован, pass создает коммит внутри этого репозитория git каждый раз, когда манипулируют хранилищем паролей.
На странице руководства есть более подробный пример инициализации.
Скачивание pass
Текущая версия — 1.7.3.
Ubuntu / Debian
$ sudo apt-get install pass
Fedora / RHEL
$ sudo yum install pass
$ sudo zypper in password-store
Arch
Хранилище паролей доступно через диспетчер пакетов Homebrew:
$ brew install pass
# portmaster -d sysutils/password-store
Архив содержит общий makefile, для которого достаточно выполнить простую команду sudo make install.
Репозиторий Git
Вы можете просмотреть репозиторий git или клонировать репозиторий:
$ git clone https://git.zx2c4.com/password-store
Все выпуски помечены тегами, и теги подписаны с помощью 0xA5DE03AE.
Организация данных
Имена пользователей, пароли, PIN-коды, веб-сайты, метаданные и так далее
Хранилище паролей не требует какой-либо конкретной схемы или типа организации ваших данных, поскольку это просто текстовый файл, который может содержать произвольные данные. Хотя наиболее распространенным случаем является хранение одного пароля для каждой записи, некоторые опытные пользователи решают, что хотели бы хранить в хранилище паролей не только свой пароль, но и дополнительно хранить ответы на секретные вопросы, URL-адреса веб-сайтов и другую конфиденциальную информацию или метаданные. Поскольку хранилище паролей не требует собственной схемы, вы можете выбрать свою организацию. Существует множество допустимых структур.
Один из подходов — использовать многострочные функции pass (—multiline или -m in insert) и хранить сам пароль в первой строке файла, а дополнительную информацию — в последующих строках. Например, Amazon / bookreader может выглядеть так:
Yw|ZSNH!>z»6
Это предпочтительная организационная схема, используемая автором.
Параметры —clip / -c копируют в буфер обмена только первую строку такого файла, тем самым упрощая получение пароля для форм входа в систему, сохраняя при этом дополнительную информацию в том же файле.
Другой подход — использовать папки и хранить каждый фрагмент данных внутри файла в этой папке. Например, Amazon / bookreader / password будет содержать пароль читателя внутри каталога Amazon / bookreader, а Amazon / bookreader / secretquestion1 будет содержать секретный вопрос, Amazon / bookreader / sensitivecode будет содержать что-то еще, связанное с учетной записью читателя и так далее. Можно так же сохранить пароль в Amazon / bookreader, а дополнительные данные — в Amazon / bookreader.meta. И еще один подход может заключаться в использовании многострочности, как описано выше, но помещать шаблон URL-адреса в имя файла, а не внутри файла.
В общем — возможности здесь чрезвычайно многочисленны, и есть много других организационных схем, не упомянутых выше; у Вас есть свобода выбора того, что лучше всего соответствует вашему рабочему процессу.
Расширения для пропуска
Чтобы облегчить пользователям реализацию разнообразных вариантов использования, pass поддерживает расширения. Расширения, установленные в / usr / lib / password-store / extensions (или их разновидности, зависящие от дистрибутива), всегда включены. А те расширения, которые установлены в ~ / .password-store / .extensions / COMMAND.bash, включены, если переменная среды PASSWORD_STORE_ENABLE_EXTENSIONS имеет значение true. Дополнительные сведения см. На странице руководства.
Сообщество создало множество таких расширений:
- pass-tomb: управлять хранилищем паролей в TOMB
- pass-update: простой процесс обновления паролей
- pass-import: универсальный инструмент для импорта из других менеджеров паролей
- pass-extension-tail: способ печати только хвоста файла
- pass-extension-wclip: плагин для использования wclip в Windows
- pass-otp: поддержка токенов одноразового пароля (OTP)
Совместимые клиенты
Сообщество pass собрало впечатляющий список клиентов и графических интерфейсов для различных платформ:
- passmenu: чрезвычайно полезный и замечательный скрипт dmenu
- qtpass: кроссплатформенный клиент с графическим интерфейсом
- Android-Password-Store: приложение для Android
- passforios: приложение для iOS
- pass-ios: (старое) приложение для iOS
- passff: плагин Firefox
- browserpass: плагин Chrome
- Pass4Win: клиент для Windows
- pext_module_pass: модуль для Pext
- gopass: приложение Go с графическим интерфейсом
- upass: интерфейс интерактивной консоли
- alfred-pass: интеграция Альфреда
- pass-alfred: интеграция Альфреда
- pass.applescript: интеграция с OS X
- pass-git-helper: интеграция учетных данных git
- password-store.el: пакет emacs
- XMonad.Prompt.Pass: запрос для Xmonad
Переход на pass
Чтобы освободить данные о паролях из лап других (раздутых) менеджеров паролей, разные пользователи придумали разные организации хранения паролей, которые лучше всего подходят для них. Некоторые пользователи предоставили сценарии, чтобы помочь импортировать пароли из других программ:
- 1password2pass.rb: импортирует данные 1Password txt или 1pif
- keepassx2pass.py: импортирует XML-данные KeepassX
- keepass2csv2pass.py: импортирует данные Keepass2 CSV
- keepass2pass.py: импортирует XML-данные Keepass2
- fpm2pass.pl: импортирует XML-данные менеджера паролей Figaro.
- lastpass2pass.rb: импортирует данные Lastpass CSV
- kedpm2pass.py: импортирует данные Ked Password Manager
- revelation2pass.py: импортирует данные Revelation Password Manager
- gorilla2pass.rb: импортирует данные Password Gorilla
- pwsafe2pass.sh: импортирует данные PWSafe
- kwallet2pass.py: импортирует данные KWallet
- roboform2pass.rb: импортирует данные Roboform
- password-exporter2pass.py: импортирует данные экспортера паролей
- pwsafe2pass.py: импортирует данные pwsafe
- firefox_decryptgithub.com/Unode/firefox_decrypt/#readme: полнофункциональный интерфейс паролей Firefox, который поддерживает экспорт для передачи
Авторские права и лицензия
>карбоксиструктура>адреноструктура
Наглядно эффект анестезирующей активности представлен на диаграмме 1.
По токсичности исследуемые структуры располагаются в следующий ряд:
Таким образом, результаты компьютерного дизайна молекулы дикаина с целью снижения токсичности и усиления местноанестезирующего эффекта позволяют исследуемые структуры расположить в следующий ряд:
Никотиноструктура>пиперидиноструктура>адреноструктура>>дикаин>карбоксиструктура
Экономическая часть
Источник: studopedia.ru