Дорогие товарищи- а есть ли где мануал для PC GAMESS на русском?
Аналог того, что есть на сайте- фичи, особые для PC GAMESS+ ввод, общий с US GAMESS по 1999 год?
На родном языке то проще.
Извините, если повтор.
жить будем.
Re: Gamess manual Rus
Сообщение Lantano » Ср ноя 12, 2008 11:58 pm
Единственный вариант — где-нибудь не в Москве перевели частично для студентов в жанре методички. Но я не встречал.
«Если миру не нужен свет — Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт — Не беда, он наймётся в кабак. «
Re: Gamess manual Rus
Сообщение N_A_B » Чт ноя 13, 2008 12:07 am
Посмотрим- что зубры скажут.
жить будем.
Re: Gamess manual Rus
Сообщение EvgeniX » Чт ноя 13, 2008 4:07 am
Re: Gamess manual Rus
Сообщение N_A_B » Чт ноя 13, 2008 8:20 am
Выкладываю новую версию.
Если скачаете- гляньте, пожалуйста, и прокоментируйте.
Естественно кое-что переведено отвратно( на мой взгляд), надо будет позже править.
КАК НАУЧИТЬСЯ ТРЕЙДИТЬ?
жить будем.
Re: Gamess manual Rus
Сообщение N_A_B » Пт ноя 21, 2008 9:36 pm
Уважаемые господа.
Пожалуйста -если скачали и глянули- напишите своё мнение.
Я же не могу один сделать качественно- мнепомощь нужна.
Обратная связь.
жить будем.
Re: Gamess manual Rus
Сообщение VTur » Пт ноя 21, 2008 10:23 pm
Читабельно. Если нужно, могу помочь в терминах.
После отстоя требуйте долива
Re: Gamess manual Rus
Сообщение VTur » Пт ноя 21, 2008 10:32 pm
А я сейчас полез в свою библиотеку и нашел свой древний перевод ГАУССИАНА 98. Возможно, перевод кривой, но помнится кто-то хотел иметь его на русском. Может сгодится?
Gaussian_Мой перевод_Help`а.rar
Другое дело, что я вставил его не туда. Но это дело модераторов.
После отстоя требуйте долива
Re: Gamess manual Rus
Сообщение N_A_B » Сб ноя 22, 2008 2:15 am
А если Ваш перевод сделать в том же виде, что и мой?
Мой,кажется- чисто технически удобнее.
жить будем.
Re: Gamess manual Rus
Сообщение surius » Сб ноя 22, 2008 7:56 am
VTur писал(а): . Другое дело, что я вставил его не туда. Но это дело модераторов.
VTur, спасибо, давно вопрос стоял, но в актуальности не сильно потерял!
А туда, не туда. Хорошее дело везде своих сторонников найдет . Еще раз спасибо!
«Bite my shiny metal ass»
Bender
Re: Gamess manual Rus
Сообщение VTur » Сб ноя 22, 2008 1:58 pm
N_A_B писал(а): А если Ваш перевод сделать в том же виде, что и мой?
Мой,кажется- чисто технически удобнее.
Есть желание — делайте.
После отстоя требуйте долива
Re: Gamess manual Rus
Сообщение o-oxhem » Вс ноя 23, 2008 7:25 pm
N_A_B писал(а): Уважаемые господа.
Я же не могу один сделать качественно- мнепомощь нужна.
Обратная связь.
Надеюсь, что Вам поможет
Название: Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах: Учебное пособие
Правильные знания и обязательные программы для компьютера
Автор(ы): Кобзев Г.И.
Аннотация: В пособии кратко изложены теоретические основы метода МО ССП Рутаана и основные характеристики полуэмпирических методов ЧПДП и МЧПДП, а также рассмотрены метод КВ и СОВ в молекулах. Рассмотрены примеры использования теории возмущений для расчета характеристик запрещенных S0-T1 переходов и правила вычисления матричных элементов Bij и оператора Hso.
Приведены расчеты отдельных молекул методом Хюккеля с использованием элементов симметрии и теории возмущений. Охарактеризованы вычислительные возможности квантово-химических пакетов GAMESS и HYPERCHEM. Рассмотрены правила и примеры, позволяющие проводить неэмпирические расчеты основного и первых возбужденных электронных состояний молекулы О2 в рамках различных вычислительных схем пакета GAMESS. Дан краткий анализ полученных результатов. Учебное пособие предназначено для студентов, обучающихся по программам высшего профессионального образования по специальности 011000, при изучении дисциплин «Квантовая химия», «Строение вещества», специальных курсов, связанных с изучением и применением расчетных методов квантовой химии.
Предметная область: 2.2 — Профессиональное образование
2.2.74 — Математика и естественно-научное образование
2.2.74.7 — Химия
Библиографическая ссылка: Кобзев Г.И. Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах: Учебное пособие. — Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004. — 150 с.
Год издания: 2004
Количество страниц: 150
ISBN: 5-230-20063-4
Источник: Оренбургский государственный университет
Документ: PDF (размер: 1267 КБ) [в виде текста]
Источник: www.chemport.ru
19.1. Программы для выполнения квантово-химических расчетов.
Привлекательная аббревиатура названия программы расшифровывается на самом деле как General Atomic and Molecular Electronic Structure System – система общего назначения для расчетов атомных и молекулярных структур. Разработчики программы – группа Марка Гордона, Университет штата Айова, США. За время использования (с 1992 года) программа завоевала популярность в нашей стране и за рубежом. GAMESS на данный момент существует в виде трех разновидностей, версии программы поддерживаются и обновляются в США (US), Великобритании (UK) и России (PC). Интернет-ссылки на соответствующие разработки приведены ниже: GAMESS-US: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html GAMESS-UK: http://www.cfs.dl.ac.uk/ GAMESS-PC: http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.old.html Наибольший интерес для практических вычислений представляет GAMESS-PC, оптимизированный Александром Грановским (сотрудником
* Данная лекция написана совместно с Д.Г. Семесько.
2 лаборатории химической кибернетики МГУ) для работы на персональных компьютерах (платформы Intel и AMD, операционные системы семейства Windows и Linux). Это некоммерческое программное обеспечение, которое его создатели распространяют в виде бинарных кодов при условии регистрации и заполнения специальной анкеты. Основным достоинством GAMESSPC является высокая скорость работы по сравнению с другими квантовохимическими программами, что немаловажно при исследованиях сложных молекулярных систем. Обновленные версии GAMESS-PC можно загрузить по адресу: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/pcgamess.shtml Однако на данный момент более функциональной (но и более медленной) является версия GAMESS-US. Некоторые из возможностей программы GAMESS представлены ниже: 1. Возможность расчета молекулярных волновых функций методом самосогласованного поля в приближении RHF, UHF, ROHF, GVB и MCSCF; 2. Учет энергии электронной корреляции на основе теории возмущений, конфигурационного взаимодействия, связанных кластеров и функционала плотности; 3. Возможность выполнения полуэмпирических расчетов методами MNDO, AM1 и PM3; 4. Автоматическая оптимизация геометрии, поиск переходных состояний с использованием аналитических градиентов; 5. Решение колебательной задачи – расчет частот валентных колебаний ИК- и спектров комбинационного рассеяния; 6. Вычисление молекулярных свойств, таких как дипольный момент, электростатический потенциал, электронная и спиновая плотность, анализ заселенностей по Малликену и Лёвдину; 7. Возможность моделирования влияния растворителя.
19.1.2. Программа Gaussian.
Программные комплексы Gaussian ( http://www.gaussian.com/ ) на данный момент являются наиболее популярным средством выполнения неэмпирических квантово-химических расчетов. Основными причинами этого являются широкий спектр реализованных квантово-химических методик, высокая эффективность и удобный интерфейс пользователя. Недавно появившая- ся версия Gaussian-2003 (G03) отличается от Gaussian-98 (G98) в первую оче- редь расширением спектра поддерживаемых квантово-химических методов и их модификаций. Существуют версии комплексов Gaussian практически для всех аппаратных платформ и операционных систем. Основные возможности пакетов программ G98 и G03: 1. Расчеты энергий и оптимизация структур исследуемых систем методами молекулярной механики, полуэмпирическими приближениями, ограниченным и неограниченным методом Хартри-Фока; 2. Широко реализованы методы учета корреляционной энергии – возможен расчет энергии и оптимизация с аналитическими градиентами для методов теории возмущений, связанных кластеров, конфигурационного взаи-
3 модействия, функционала плотности, многоконфигурационного метода самосогласованного поля; 3. Возможность моделирования сверхбольших молекулярных систем благодаря методике парционирования молекул ONIOM, развитой проф. Морокумой и др., в которой молекулярная система разбивается на 3 области, которые рассматриваются с разной степенью точности; 4. Аналитическое вычисление силовых констант для методов RHF, UHF, DFT, RMP2, UMP2 и CASSCF; 5. Возможность расчета обширного спектра свойств молекул, в т.ч. прецизионное определение термохимических параметров и химических сдвигов ЯМР. 6. Учет влияния растворителя на свойства исследуемых систем. К недостаткам комплексов Gaussian можно отнести относительно медленную скорость работы, а также высокие предъявляемые требования к аппаратному обеспечению. Программа распространяется на коммерческой основе.
19.1.3. Программные комплексы Dalton и NWChem.
Данные программные комплексы для Unix-систем (Linux, Mac OS и т.д.) в последнее время активно завоевывают популярность среди научных работников. Одной из причин, наряду с отменной функциональностью, является свободное распространение (с текущими версиями можно ознакомиться на сайте Dalton http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html и NWChem http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/nwchem.html ). Отличительными чертами программы Dalton являются: 1. Распространение в виде исходных текстов; 2. Поддержка 64-битных процессоров и операционных систем; 3. Хорошая масштабируемость расчетов, эффективное распараллелива- ние; 4. Вычисление релятивистских эффектов; 5. Специализация на расчетах свойств молекул с интенсивным учетом электронной корреляции, в особенности с помощью теории связанных кластеров и многодетерминантного подхода.
19.1.4. Программа HyperChem.
Программный комплекс HyperChem ( http://www.hyper.com/ ) достаточно популярен среди начинающих химиков-исследователей, в основном благодаря интуитивно-понятному и дружелюбному графическому интерфейсу. Он совмещает в себе как функции визуализатора 3D-структуры соединений, так и возможности выполнения квантово-химических расчетов. Наряду с молекулярной динамикой и полуэмпирическими методами реализован учет электронной корреляции методами теории возмущений второго порядка и функционала плотности. К несомненным достоинствам данной программы можно отнести обширный каталог молекулярных фрагментов, облегчающих задание исходной
4 геометрии, а также возможность ее контроля по мере выполнения расчета (все изменения в ходе оптимизации незамедлительно отражаются на экране). Однако ряд недостатков не позволяет рекомендовать данную программу в качестве основного инструмента исследователя. А именно: 1. Неэффективное использование ресурсов компьютера, в том числе организация процедуры оптимизации геометрии, приводящая к значительным временным потерям; 2. Ограниченный выбор базисных наборов и методов учета электронной корреляции; 3. Учет симметрии возможен только при задании исходной геометрии в виде Z-матрицы, что значительно снижает ценность интерактивного построения молекулярной структуры; Основной интерес HyperChem может представлять для биохимиков, т.к. особенности реализации программы (легкость построения самых сложных молекул и кластеров, использование методов молекулярной механики и т.д.) позволяют в наглядной форме исследовать свойства биомолекул и их систем. Программа распространяется на коммерческой основе.
19.1.5. Программа ПРИРОДА.
Данная квантово-химическая программа, разработанная в МГУ Д.Н. Лайковым и Ю.А. Устынюком, является примером реализации оригинального подхода к решению ресурсоемких задач молекулярного моделирования.
С помощью метода функционала плотности PBE в сочетании с трехэкспоненциальным базисным набором становится возможным снизить затратность расчетов до N 1 вместо N 4 . Наряду с DFT реализованы методы теории возмущений и связанных кластеров, существует возможность использовать корре- ляционно-согласованные базисы Даннинга и базисы с псевдопотенциалом, учитывающие релятивистские поправки. К недостаткам можно отнести «негибкость» используемых расчетных методик – в частности, невозможность включения в базисный набор диффузных оболочек или дополнительных поляризационных функций.
В данный момент программа находится в стадии тестирования и отсутствует в свободном доступе. 19.2. Программы-интерпретаторы результатов квантово-химических расчетов. Результаты квантово-химических расчетов представляют собой файл с обширной численной информацией о строении исследуемой молекулы (положения ядер в пространстве), распределении электронной плотности по молекуле, рассчитываемом как сумма плотностей вероятности каждого электрона. Выводятся сведения о полной энергии молекулы и ее составляющих: электронной энергии и энергии отталкивания ядер, а также величины остовной, кулоновской и обменной энергий. Волновая функция молекулы представляется в виде матрицы собственных векторов ( eigenvectors ) – коэффициентов разложения Ψ по выбранному базисному набору, здесь же приводятся
Источник: studfile.net
Название современной версии программы gamess
GAMESS — программа пакета вычислительной квантовой химии. Аббревиатура расшифровывается как General Atomic and Molecular Electronic Structure System. В 1981 году появилось две стабильных ветви GAMESS: GAMESS и GAMESS, с тех пор их развитие шло самостоятельно и на сегодняшний день эти две программы отличаются довольно существенно. Проект GAMESS поддерживается членами исследовательской группы Гордона в Государственном Университете штата Айова.
Возможности
GAMESS способен производить расчеты МО при помощи многих методов вычислительной квантовой химии, включая метод Хартри-Фока, теорию функционала плотности, обобщённый метод валентных связей, и многоконфигурационное самосогласованное поле. Коррекция энергии электронной корреляции после процедуры самосогласования может быть осуществлена при помощи конфигурационного взаимодействия, теории возмущений Меллера-Плессета второго порядка. Эффект растворителя может учитываться в рамках моделей SCRF, PCM или моделироваться с помощью, т.н. «эффективных фрагментов». Релятивистские поправки также могут быть учтены с помощью различных методов, например приближением Дугласа-Кролла третьего порядка.
Поскольку в программе молекулярная механика не реализована, комбинированные расчеты используют пакет TINKER для вычислений механической части. Метод фрагментарных МО может использоваться для расчета крупных систем, деля их на «фрагменты».
Источник: 4108.ru