Imagej что это за программа

ImageJ

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health [2] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия [3] . ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений [4] , автоматические сравнения [5] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии [6] . Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений [7] [8] .

BII ImageJ 익히기 — 04.Area measurements, particle counting

Пользоваться ImageJ можно через онлайн-апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах, для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ находится в свободном доступе [9] .

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

• 1 Особенности
• 2 История
• 3 Примечания
• 4 Литература
• 5 Ссылки

• 5.1 Дистрибутивы
• 5.2 Подключаемые модули
• 5.3 Программа NIH Image

Источник: wiki2.org

Круиз до Фиджи: разбираемся в софте для обработки изображений (Часть 1)

Во время работы над диссертацией я пришел к научному руководителю для обсуждения дальнейшего курса. Работа шла гладко: литература досконально изучена, срезы готовы, РИФ позади. Дело за малым — анализ полученных на микроскопе снимков и сопоставление результатов с данными литературы. Словом, в кабинет не заходил, а въезжал на коне. Задавай, мол, вопросы, лысый, я готов. Лысый быстро доказал обратное, причем не отрываясь от монитора:
— Fiji владеешь?
— Нет.
— Плохо. А язык программирования какой предпочитаешь: javascript или python?
На этих словах я понял, что попал.
— Ясно. Качай fiji, приходи через неделю с анализом снимков. И коня своего забери.

Спойлер: следующие несколько встреч заканчивались примерно так: «Принес? А почему ты именно так обработал? Что значит такой-то параметр? Разберешься — приходи».

Уже на этом этапе я понял две вещи. Во-первых, программа — улет: функционал огромен и постоянно расширяется за счет open source, и научившись писать рабочие плагины, можно здорово экономить время. Во-вторых, освоение программы — тот ещё кошмар. Поначалу собираешь каждый подводный камень (тут это очень болезненно), мануал по базовым функциям занимает практически 200 страниц, обучающие видео тоже либо слишком базовые, либо, наоборот, чересчур специфичны, и все это, естественно, на английском.

대학원생이 알아야 할 이미지 프로세싱 2 넓이 측정 Image J area

Таким образом и родилась идея этих путевых заметок, в которых я постараюсь скомпенсировать последнее и, в идеале, вооружить читателя новым инструментом для научно-исследовательской работы.

Часть 1. Ориентация на местности

Для начала давайте разберемся, что же такое FIJI? Технически говоря, это open source программное обеспечение для обработки и анализа изображений, идейно — ImageJ на стероидах. И вообще, FIJI — Fiji Is Just ImageJ. Хотя название и утверждает, что «Fiji — просто ImageJ», это большое преуменьшение, поскольку первая включает в себя целую кучу объемных плагинов для биологических наук, многократно расширяющих функционал. Конечно, открытый код позволяет скачать голый ImageJ и поставить сверху только нужные вам плагины, но зачем ограничивать собственный арсенал?

Первым делом скачиваем архив с официального сайта: http://imagej.net/Fiji/Downloads. Там же можно ознакомится с историей разработки приложения, другими сборками, FAQ и видео-туториалы (простой поиск на YouTube).

Разнообразие актуальных open source версий ImageJ. Даже официальный сайт рекомендует сборку Fiji.

Устанавливать Fiji не нужно, достаточно распаковать архив и запустить .exe.
И раз у нас есть минутка, пока программа запускается, сообщаю, что в сообществе ImageJ есть важное правило — не забывать вклад коллег в развитие ПО. Делается это с помощью цитирования в библиографии. При использовании стандартной Fiji следует пользоваться следующей ссылкой: Schindelin, J.; Arganda-Carreras, I. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis», Nature methods 9(7): 676-682, PMID 22743772, doi:10.1038/nmeth.2019; если в работе вы использовали дополнительные плагины, следует также ссылаться на них.

Открыв Fiji, видим следующий интерфейс:

Краткий гайд по вкладкам:

• Файл: тут все стандартно — новый, открыть, сохранить как… Раз уж речь зашла о сохранении, поговорим о форматах. Их Fiji знает очень много, упомяну три основных графических варианта, которые следует знать всем: .tiff, .png, .jpeg. Не буду вдаваться в технические аспекты, объясню доступно. Первый формат — самый тяжеловесный, но и потери информации в нем минимальны, т. к. он не использует никаких технологий сжатия. Рабочие снимки с микроскопов обычно сразу идут именно в этом формате. Советую все рабочие и промежуточные небинарные (где интенсивность не представлена исключительно минимальным и максимально допустимыми для выбранной кодировки – см. ниже) снимки хранить именно в нем, дабы избежать потерь информации при анализе. PNG — промежуточный вариант. Благодаря сжатию такие файлы весят меньше, но сжатие тут щадящее, и большая часть информации сохраняется. Этот формат подойдет для хранения бинарных изображений, и место сэкономите, и ничего не потеряете. Наконец, есть .jpeg — обеспечивает мощное сжатие, но с достоверностью информации можете попрощаться. При этом обращаю внимание на то, что ваше восприятие изображения и хранящаяся там информация — совершенно разные вещи! Визуально никаких потерь не увидеть! Таким образом, .jpeg подойдет исключительно для того, чтобы перевести в него уже проанализированное изображение и вставить в статью, для анализа он непригоден.

• Правка: тоже ничего недоступного, стандартные «копировать»/ «вставить». И тут кроется, пожалуй, самый коварный, самый, чтоб его, гнусный подводный камень всего семейства ImageJ. Дело в том, что кнопка «Undo» — одна из важнейших кнопок, особенно на первых порах, когда нет готовых алгоритмов работы, тут особенная. В среднем половину действий в программе отменить нельзя. От слова совсем. Если вы запороли изображение – извольте начинать сначала. Но даже если отменить удалось, максимальное количество откатов — один шаг! Словом, это кромешный мрак и ужас. Для начала запомните, что отменять нельзя повторный выбор порогового значения (если вы сразу задали значение и закрыли окно — можно, если после первого значения без закрытия окна выбрать другое и нажать «Применить» — это необратимо) и результат функции «яркость/контраст». Да, я уже упомянул, что даже неудачное действие считается за шаг? Пример: изменили кодировку с 8-bit RGB на 8-bit greyscale. Этот шаг отменить можно. Если после этого попробовать перевести файл обратно, программа начнет ругаться, что так нельзя, и в этом она права. Не права она в том, что после этой неудачной попытки отменить изначальное конвертирование тоже станет невозможно. К счастью, есть надежный способ борьбы с этим. И расположен он в следующей вкладке…

• Изображение: одна из трех основных вкладок, собравшая в себе необходимые для работы с цветом, пороговыми значениями и стопками изображений инструменты. Продолжая предыдущий пункт, сразу запоминаем комбинацию клавиш Ctrl+Shift+D — «Duplicate», создание копии открытого изображения. Чем раньше начнете вырабатывать привычку прожимать заветные клавиши после каждого шага, тем меньше горьких слез эти самые клавиши замочат. В процессе поиска подходящих значений советую дублировать промежуточные файлы по несколько раз, желательно с сохранением одного из них. И, да, готовьтесь видеть полный трей открытых изображений…
  Раньше я уже ссылался на кодировку — «битность» изображений, теперь поговорим о ней подробнее. Минимально различимая единица на изображении — пиксель или воксель (трехмерный брат пикселя, актуально для Z-стопок и 3D-реконструкций в рамках программы). Каждому из них присваивается определенное значение интенсивности, зависящее от «битности» изображения. Так, для 8-битных изображений это значение находится в диапазоне 0–255, а для 16-битных уже 0–65535. Выбрать кодировку можно при помощи вкладки «Type». Какую «битность» выбрать? Зависит от того, насколько вам важна глубина цвета. Для абсолютного большинства исследований подойдет 8-битная кодировка. Об остальных стоит задуматься только в случаях, когда вы пытаетесь разделить «вон тот зелененький от вот этого зелененького, а они одинаковые».Также здесь в подпункте «Adjust» расположились такие важные функции, как «Brightness/contrast» («яркость и контраст») и «Threshold» («пороговое значение», определение верхней и нижней границ допустимых значений; назвал бы «выборка», но тут нет варианта исключить значения между границами, поэтому будет некорректно). Анализировать изображение можно только после выполнения функции «пороговое значение» (или «цветовое пороговое значение»)! Лично я предпочитаю сначала настроить изображение с помощью «яркости/контраста», и уже потом задать «пороговое значение». Тому, как всем этим пользоваться, будет посвящен весь следующий выпуск.

• Обработка: включает в себя все инструменты для, не поверите, обработки изображений. Этот пункт также заслуживает отдельного выпуска, поэтому упомяну лишь ключевые функции: «subtract background» — «вычитание фона», чертовски полезная функция, требующая, однако, постоянного контроля на тему «не вычел ли я пиксели со значимой информацией?»; «Find Edges» — «найти края», многие используют при подсчете клеток, полезно и популярно; «Smooth» — «Сглаживание», обычно применяется после анализа для получения более красивого изображения к статье, также полезно при наличии большого количества «шкалящих» пикселей (максимальной интенсивности); «Sharpen» — «резкость», антагонист предыдущей функции; «Enhance» — «усиление», замечательная функция, особенно для темных снимков и, как показывает опыт, при использовании темно-красных флюорофоров (см. ниже)

Функция «Enhance» в действии: теперь видно, что пора работать над удалением шумов

• Анализ: инструменты для непосредственного извлечения информации из изображения. Как и в случае с предыдущими двумя пунктами меню, будет подробно рассмотрено в будущем. Сейчас достаточно знать, что тут есть две связанные функции — «Set Measurements» и «Measure»; первая позволяет выбрать, какие параметры необходимо проанализировать, вторая — проанализировать и вывести результаты. Здесь также расположена ключевая функция «Analyse Particles» — «Анализ частиц», позволяющая на основе предыдущего порогового значения посчитать количество отдельных частиц и вывести запрашиваемую информацию по каждой из них, а также построить функции распределения. А еще тут есть возможность строить различные гистограммы, которые не только полезны, но и хорошо украшают статью.
• Плагины: тут тоже все понятно. В Fiji работу по подбору плагинов провели за вас: их так много, и они так разнообразны, что большую часть вы, скорее всего, никогда и не откроете. Также здесь находятся инструменты для подключения макросов и написания собственного кода. Для людей, плохо дружащих с программированием (я тоже к ним отношусь), есть удобная функция записи: включаете, вручную выполняете последовательность действий, смотрите на получившийся код, корректируете синтаксис в зависимости от предпочитаемого языка.
• Окно: ничего стоящего, кроме функции «Cascade», позволяющей хоть немного облегчить работу в море открытых файлов (вы же не забыли про Ctrl+Shift+D, правда?)
• Помощь: мне бы кто помог… Советую проверять только вкладку «Update» на наличие обновлений. Не советую выбирать экспериментальные свежие сборки — потенциально снижаете стабильность работы ПО, принципиальных различий между версиями 1.5xc и 1.5xg нет.

Теперь быстро пройдемся по нижней строке, благо, там все понятно:

Небольшая ремарка: ко всем следующим функциям, связанным с рисованием (кисти, карандаши, прямые…) даю следующий комментарий: «Учитывая работу кнопки «Отменить», крайне не советую что-то дорисовывать в Fiji. Лично я использую paint.net, но любой, реально любой редактор изображения сэкономит ваши нервы».

• Первые четыре функции я объединил в одну — это просто разные формы выбора области;
• Прямая/стрелка — подходит для выделения нужных элементов изображения для читателя будущей статьи;
• Измерение угла — строите две прямые с углом между ними, узнаете угол;
• Выбор нескольких точек — полезно, но, учитывая работу кнопки отменить…
• Волшебная палочка — программа пытается вычленить объект на основании разности интенсивностей соседних пикселей/вокселей. Хорошо работает на четких изображениях, особенно после функции «Sharpen» и «Enhance contrast»;
• Текстовое окно — итак все понятно, правда?
• Масштабирование — колесико либо «+» и «-» на нумпаде делают эту кнопку лишней;
• Перемещение — спорной полезности функция, т. к. обычно отдельные элементы увеличивают и вырезают в отдельное изображение, но тут кому как удобнее;
• Пипетка, карандаш, кисть, заливка — привет из старого доброго пейнта. Учитывая работу кнопки «отменить»…
• Меню разработчика — если вы не пишете макросы и не владеете программированием, о существовании этой кнопки можно забыть;
• Работа со стопками — поговорим о ней, когда дойдем до стопок;
• Волшебная палочка «сглаживание» — неплохой инструмент для срезания острых углов ваших изображений.
• Другое — здесь притаился еще десяток разной полезности инструментов третьестепенной важности, часть которых повторяет упомянутые выше.

И напоследок еще один совет. Лучше по минимуму обрабатывать изображения и стараться получать изначально хорошие снимки, ведь чем больше заметна обработка, тем больше возникнет подозрений по отношению к вашей работе: а не подогнали ли вы результаты под себя? А то, как можно извратить одно изображение с помощью предлагаемых инструментов, можете видеть ниже:

Источник: medach.pro

ImageJ

ImageJ это продвинутая программа, предназначенная для анализа и обработки изображений. Она работает с 8-битными, 16-битными и 32-битными изображениями, поддерживает множество форматов, и позволяет выполнять разные операции над изображениями.

Возможности программы

• Исходный код на Java, кроссплатформенность;
• Автоматизация действий с помощью макросов;
• Расширение функционала с помощью плагинов;
• Высокая скорость работы;
• Поддержка форматов TIFF, GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS, ASCII, DICOM и пр;
• Настройка отображения изображений;
• Инструменты улучшения качества изображений;
• Геометрические инструменты;
• Инструменты для анализа различных аспектов изображения;
• Редактирование изображений.

Версии

x32/x64 (74.55 МБ)

Нет официального представителя разработчика на сайте

Стать представителем

Рейтинг

Нажмите, для быстрой оценки

Оставить отзыв

Отзывы

Похожие приложения

Alcohol 120%

Версия: 2.1.1.61

Версия: 8.91.0.4 (84.95 МБ)

Версия: 4.0 Buil (10.46 МБ)

Источник: freesoft.ru

ImageJ

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health [1] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия [2] . ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений [3] , автоматические сравнения [4] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии [5] . Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений [6] [7] .

Пользоваться ImageJ можно через онлайн-апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах, для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ находится в свободном доступе [8] .

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

• 1 Особенности
• 2 История
• 3 Примечания
• 4 Литература
• 5 Ссылки

• 5.1 Дистрибутивы
• 5.2 Подключаемые модули
• 5.3 Программа NIH Image

Особенности

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также форматы необработанных (англ. raw) данных.

ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, объединенных в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет выполнять геометрические преобразования: масштабирование, поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.

История

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа NIH Image для компьютеров Macintosh и операционных систем до Mac OS X. Ее развитием стала программа Image SXM для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для Windows, поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны [9] .

Примечания

1. ↑Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // BioTechniques(англ.) ( рус. : journal. — 2007. — July ( vol. 43 , no. 1 Suppl ). — P. 25—30 . — doi:10.2144/000112517. — PMID 17936939.
2. ↑Girish V., Vijayalakshmi A.Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ(англ.) // Indian J Cancer(англ.) ( рус. : journal. — 2004. — Vol. 41 , no. 1 . — P. 47 . — PMID 15105580. Архивировано 11 апреля 2011 года.
3. ↑Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18 , № 2 . — С. 91—9 . — doi:10.1007/s10278-004-1879-4. — PMID 15827831.
4. ↑Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // Microsc Res Tech(англ.) ( рус. : journal. — 2004. — Vol. 64 , no. 2 . — P. 176—184 . — doi:10.1002/jemt.20067. — PMID 15352089.
5. ↑Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // J Parasitol(англ.) ( рус. : journal. — 2004. — Vol. 90 , no. 4 . — P. 879—881 . — doi:10.1645/GE-222R. — PMID 15357090.
6. ↑Burger W., Burge M.Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java(англ.). — Springer, 2007. — ISBN 1846283795. Архивная копия от 17 мая 2014 на Wayback Machine
7. ↑Dougherty, G.Digital Image Processing for Medical Applications(англ.). — Cambridge University Press, 2009. — ISBN 9780521860857.
8. ↑Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // BioTechniques(англ.) ( рус. : diario. — 2007. — Luglio ( v. 43 , n. 1 Suppl ). — P. 31, 33—6 . — doi:10.2144/000112511. — PMID 17936940.
9. ↑NIH Image: About(неопр.) . Дата обращения: 18 ноября 2008.Архивировано 20 апреля 2012 года.

Литература

• Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7.
• Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. — ISBN 978-3-659-37594-1.

Ссылки

• Домашняя страница ImageJ
• Wiki документация по ImageJ
• Обзоры ImageJ от Forrest Mims III in The Citizen Scientist , the journal of the Society for Amateur Scientists.
• ImageJ в России
• Русскоязычный сайт программы ImageJ

Дистрибутивы

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

• Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. Scripting).
• MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули

Программа NIH Image

Для улучшения этой статьи по информационным технологиям желательно:

• Проверить качество перевода с иностранного языка.
• Проставить для статьи более точные категории.
• Переработать оформление в соответствии с правилами написания статей.

• Программное обеспечение по алфавиту
• Руниверсалис:Статьи к доработке по информационным технологиям
• Свободное графическое программное обеспечение
• Обработка изображений
• Библиотеки Java
• Программное обеспечение, написанное на Java

Источник: xn--h1ajim.xn--p1ai

Личная эффективность

ImageJ — это не только программа для выполнения несчетного множества операций по обработке изображений, это еще и Java библиотека для написания собственных функций, расширяющая возможности этой программы до бесконечности.

Сразу скажу — это программа не для создания новых изображений, не для компьютерных художников, она для обработки, улучшения, редактирования и т.п. уже имеющихся изображений. Для извлечения из них полезной информации. Поэтому данная программа так популярна у тех, кто обрабатывает изображения полученные с микро- или телескопа и хочет из картинки получить набор цифр и иной информации характеризующей объект или являение, а также улучшить эту картинку, что бы выделить на ней необходимые объекты или ньюансы или просто для того, что бы она была приятна для глаза. Хотя в ImageJ и присутствуют некоторые функции для рисования, они довольно примитивны, и те кто хочет создать в ImageJ картинку «с чистого листа» будут разочарованы.

К числу базовых возможностей программы можно отнести:

Мультиплатформенность: Так как ImageJ написана на Java, то ее можно запустить на Linux, Windows (32-bit или 64-bit), Mac OS X . Лично я пользуюсь ей в первых двух ОС. Под Windows ее работа лично мне нравится больше.
Открытая программ: ImageJ и ее исходный Java код свободно доступны. Ни каких лицензионных ограничений.
Сообщество пользователей: ImageJ поддерживается огромным сообществом пользователей во всем мире, которые помогут решить любой вопрос. Более 1700 пользователей и разработчиков подписаны в ImageJ mailing list. И я один из них.
Мкросы: Для автоматизации часто повторяемых одинаковых операций можно использовать легко записываемые макросы. Что бы сгенерировать код макроса необходимо только воспользоваться command recorder, при необходимости затем его можно подправить и оттестировать в macro debugger. Более трех сотен готовых макросов доступно на официальном сайте программы.
Плагины: Плагины позволяют еще больше повысить функциональность ImageJ, благо программа снабжена собственным текстовым редактором для редактирования исходного текста (впрочем самого что ни на есть примитивного, а как это исправить я расскажу чуть позже) макроса и Java компилятором. Более пятисот уже готовых плагинов доступно на официацльном сайте программы и на некоторых других специализированных сайтах. Плагины позволяют получать доступ к графическим (и видео) файлам самых экзотических форматов, выполнять морфологические операции, свертку, обработку различными фильтрами, вейвлет обработку, преобразовывать в различные форматы, работать с 3-, 4- и т.д. D. Лично я разрабатываю плагины для автоматизированного распознования, идентификации, локализации, сегментации и выделения объектов заданного класса на изображении, что придает ImageJ функционал машинного зрения.
Инструмент разработчика: Библиотека ImageJ позволяет не только расширять функциональность программы за счет написания плагинов, но на ее основе можно разрабатывать апплеты, сервлеты или самостоятельные приложения. Лично я опробовал довольно много библиотек для обработки изображений. Так вот эта по моему мнению отличается идельнейшим сочетанием функциональной мощи, скорости, легкости и доступности освоения, интегрируемости с другими библиотеками. Из-за ее я выучил Java, хотя до этого относился к ней с большим предубеждением и никак не могу слезть с этого
Скорость: ImageJ опровергнет представления многих о неповоротливости програм на Java. Немногие библиотеки на C++ позволяют обрабатывать изображения с такой эффективностью. По заявлению на официальном сайте она способна отфильтровать изображение размером 2048×2048 за 0.1 seconds — 40 миллионов пикселов за секунду!
Типы данных: 8-bit grayscale или индексированный цвет, 16-bit unsigned integer, 32-bit floating-point и RGB цвет.
Форматы файлов: Форматом по умолчанию для данной программы является TIFF (без сжатия). В ее базовый функционал заложены возможности открытия и сохранения файлов в форматах GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS иASCII. Open DICOM. Поддержка открытия и сохранения во множестве других форматов поддерживается посредством специальных плагинов.
Окно изображения: Каждое изображение открывается в собственном окне (что для многих может показаться сначала непривычным, но к этому быстро привыкаешь и не можешь представить себе другого) с возможностью изменения масштаба от 1:32 до 32:1. Если изображение не помещается полностью в окне доступна функция скролинга. Все функции анализа рабоатют с изображениями представленными в любом масштабе.
Выделение: Радует разнообразие способов выделения участков изображения: прямоугольное, элипс, полигон или «свободное» выделение, «волшебная палочка», выделение линии и точки. Область выделения можно в последующем редактировать, инвертировать, сохранять и применять к любому другому изображению (иногда это ой как надо). В области выделения можно проделывать любые операции по анализу изображения, заливке и очистке, фильтрации и практически любой другой функции, доступной для всего изображения.
Улучшение изображение: В базовой версии поддерживается размытие, повышение резкости, обнаружение границ, медианный и другие линейные и нелинейные фильтры, пороговый фильтр, как для 8-bit, так и для цветных RGB изображений. Интерактивная и автоматическая подстройка яркости и контраста. Возможность разделения цветного изображения на каналы, обработка каждого канала в отдельности и сборка обработанного цветного изображения.
Геометрические операции: Масштабирование, кадрирование, произвольное вращение, зеркальное отображение (вертикальное и горизонтальное).
Анализ: Измерение площади, средней яркости участка или целого изображения, стандартного отклонения, минимума и максимума. Измерения длинн и углов с автоматическим переводом из пикселей в реальные единицы измерения — миллиметры или микроны, к примеру. Калибровка с использованием стандартных образцвов плотности. Гистограмы и проифили изображений.
Редактирование: Копирование/вырезание/вставка выделенной части или всего изображения. Вставка с использованием операторов AND, OR, XOR или режима «Blend». Добавление текста, стрелок, прмоугольных, овальных и полигональных элементов, а также целых изображений. В свое время я был поражен богатством матемактических операций, которые можно без всяких усилий произвести с изображениями. К примеру, какая еще программа позволит отнять от одного изображения другое, полученное путем извлечения корня квадратного из исходного за несколько кликов мышкой (а если зашить это в макрос, то с помощью шорт-кута)?
Работа с цветом: Разделение 32-битного цветного изображения на RGB или HSV каналы. Объединение 8-битных каналов в цветное изображение. Конвертирование между различными типами данных, перевод RGB изображения в 8-битное индексированное. Применение псевдо-цветных палитр (LUT) к полутоновым чернобелым изображениям.
Стеки: Стек можно представить как стопку изображений, имеющих одинаковый размер и формат, расположенных в одном окне. В виде стека в ImageJ можно открыть .avi видео, при этом каждый кадр будет представлен в виде отдельной картинке в стеке.

Затем со стеком можно осуществить самые разные операции, которые только доступны для отдельного изображения, в том числе и с использованием выделения, при этом выделить можно один и тот же участок на всех изображениях стека, а для выполнения операции достаточно один раз вызвать необходимую команду. Данный режим удобен для представления информации с размерностью большей, чем 2D.

Также можно анализировать временную динамику развития некоторого события. Кроме .avi файла в стек можно автоматически поместить все изображения из отдельной папки, или допустим каждое 5-е изображение, начиная с 10-го и заканчивая 125-м. Стек в свою очередь можно сохранить как многослойный TIFF файл, или как видео, можно его и разделить на отдельные изображения. Чего не хватало несколько раз в стеке, так это изменение прозрачности отдельных изображений, таким образом, что бы были видны изображения расположенные «ниже», но, вероятно, это инстинкт, доставшийся от Photoshop-а. В итоге, все те операции для которых мне была нужна прозрачность я научился выполнять штатными средствами ImageJ — калькулятором изображений, получение цветного изображение из отдельных каналов или сохранение выделения на одном изображении и перенос его на другое.

С первого раза ImageJ пугает и запутывает, но разобравшись в нем и поняв его философию мы получаем мощнейший инструмент для обработки изображений и извлечения из них необходимой информации. Установив же необходимые плагины, а тем более научившись писать их самостоятельно, мы обретаем практически неограниченные возможности.

Источник: nikitinale.blogspot.com