BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool ) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот , для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов. Является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков, систематиков.
Классификация программ серии BLAST
Семейство программ серии BLAST делится на 5 основных групп:
Нуклеотидные
предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:
- megablast — быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
- dmegablast — быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,
- blastn — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др..
Белковые
предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.
Чего не знают о BLAST..
- blastp — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
- cdart — сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
- rpsblast — сравнение с базой данных консервативных доменов,
- psi-blast — сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
- phi-blast — поиск белков, содержащих определённый пользователем паттерн и др.
Транслирующие
способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:
- blastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает её с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
- tblastn — изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
- tblastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает её с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.
Геномные
предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма (человека, мыши и др.)
Специальные
прикладные программы, использующие BLAST:
- bl2seq — сопоставление двух последовательностей по принципу локальных выравниваний,
- VecScreen — определение сегментов нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, которые могут иметь векторное происхождение и др.
Оставьте свой комментарий!
Источник: pro-spo.ru
САМЫЙ ОПАСНЫЙ ВИРУС НА iOS
Blast: Gamer’s Savings Account
Blast — это сберегательный счет, созданный исключительно для современного поколения игр. Зарегистрируйтесь сегодня, и Blast персонализирует автоматический план сбережений, основанный на ваших игровых привычках, чтобы помочь вам в достижении ваших краткосрочных и долгосрочных финансовых целей.
Вот как использовать Blast, чтобы сэкономить на будущем и увеличить свои финансы за счет игр:
* Поддерживаемые названия включают в себя:
Fortnite,
Мир Warcraft,
Звезды потасовки,
PlayerUnknown’s Battlegrounds (PUBG),
Overwatch,
Counter-Strike: глобальное наступление,
Судьба 2,
Мертвый при дневном свете,
Ржавчина,
Радуга Шести Осада Тома Клэнси,
и многое другое!
Примечание. Blast является продуктом Investable Games Technology, Inc. и не производится, не распространяется и не разрешается различными организациями, владеющими играми, которые поддерживает наше приложение. Каждое название игры является товарным знаком конкретного лица, которому принадлежит его лицензия. Все права защищены.
Источник: play.google.com
Русские Блоги
NCBI BlastЭто широко используемый инструмент поиска последовательностей, включая белок и нуклеиновую кислоту. Как правило, вы можете использовать веб-страницу для запроса, но иногда для разработки требуется локальная база данных и программа. NCBI предоставляет набор инструментов Blast +, который содержит множество инструментов для взлома. . Для ознакомления, пожалуйста, обратитесь к NCBI. Два документа (книги):
- BLAST® Command Line Applications User Manual
- BLAST® Help
Загрузить и установить
Скачать для Blast +
- Скачать программу Blast +:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
- Выберите и установите в соответствии с платформой, например mac dmg Версия, выиграть -win64.exe .
- После установки Mac /usr/local/ncbi/blast
- Каталог установки содержит две подпапки, bin против doc . bin Внутри находятся исполняемые программы, которые представлены следующим образом:
executables Помимо Blast +, также доступны другие инструменты:
- magic-blast : Используется для сопоставления больших последовательностей РНК и ДНК следующего поколения с полным геномом или транскриптомом. См.Magic-Blast
- IgBlast : Анализ последовательности вариабельной области иммуноглобулина и Т-клеточного рецептора. Доступно для справки.IgBlast и связанныелитература.
- rmblast :
- remote-fuser :
Конфигурация
- Экспорт BLAST в PATH в соответствии с каталогом, например export PATH=$PATH:$HOME/ncbi-blast-2.8.1+/bin Это гарантирует прямое исполнение.
- База данных управления:
- Создайте папку для хранения базы данных: mkdir $HOME/ncbi-blast-2.8.1+/blastdb
- Настроить BLASTDB Переменные среды, export BLASTDB=$HOME/blastdb
- Загрузите и распакуйте соответствующую базу данных последовательностей самостоятельно
- использовать updata_blastdb.pl Для управления базой данных.
Загрузка базы данных
FTP-сервер NCBI предоставляет специальную папку BLAST:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/, Содержит программы и базы данных BLAST. Содержит следующие подпапки:
- db : База данных, очень важно
- executables : Исполняемые программы, включая Blast +
- documents : Документация
- demo : Разработчикам предоставляются различные демонстрационные пакеты.
- matrices : Different supported and experimental scoring matrices
- WGS_TOOLS : Инструмент для создания базы данных планов WGS
- temp : Разные документы
- windowmasker_files : A collection of windowmasker files for various organisms/genomes, each in its own subdirectory named using their taxonomic ids
Конфигурация
Путь к исполняемому файлу добавляется в переменную среды. Путь к папке bin в blast добавляется в PATH Переменных среды достаточно, пожалуйста, найдите конкретные методы самостоятельно. Например, Bash: export PATH=$PATH:/usr/local/ncbi/blast/bin
Еще одна важная конфигурация: BLASTDB Переменные среды, то есть место, где находится база данных во время поискового запроса. Устанавливаются в соответствии с расположением базы данных, например: export BLASTDB=$HOME/blastdb
пример
Официальный простой пример 1
- использовать blastdbcmd Извлеките установленную базу данных ( refseq_rna.00 ) средний nm_000122 Последовательность для документирования test_query.txt
- бежать blastn Поиск нуклеиновых кислот — это также поиск в локальной базе данных.
$ blastdbcmd -db refseq_rna.00 -entry nm_000122 -out test_query.fa $ blastn -query test_query.fa -db refseq_rna.00 -task blastn -dust no -outfmt «7 qseqid sseqid evalue bitscore» -max_target_seqs 2 # BLASTN 2.2.29+ # Query: gi|263191547|ref|NM_000122.3| Homo sapiens mutL homolog 1 (MLH1), transcript variant 1, mRNA # Database: refseq_rna.00 # Fields: query id, subject id, evalue, bit score # 2 hits found gi|263191547|ref|NM_000122.3| gi|263191547|ref|NM_000122.3| 0.0 4801 gi|263191547|ref|NM_000122.3| gi|332816398|ref|XM_001170433.2| 0.0 4758 # BLAST processed 1 queries
Интеллектуальная рекомендация
Легкий кроссплатформенный MP3-плеер (5) — Несколько воспроизведений звука
Среди четырех блогов, воспроизведение звука, декодирование MP3, Audio Resampling и Audio Mixing были реализованы. Теперь нам нужно только подключить их вместе, чтобы добиться нескольких воспроизведени.
Дизайн тестера концентрации алкоголя на основе однопользовательской машины
Дизайн тестера концентрации алкоголя на основе однопользовательской машины Эта статья разработала портативный тестер концентрации спирта. В схеме проектирования используется однохипский микрокомпьютер.
Кан Тянь Дак, истечет ли также долговая расписка?
Трансфер из:http://wenzhang.zhaizhuanzhuan.cn/Detail.aspx?id=E5A5B817-815C-69B4-F0C0-7F903AB8181E Я недавно видел такую новостьЖитель Мяньян, провинция Сычуань, однажды одолжил другим 1,22 миллиона .
Pycharm2018 Профессиональный метод трещин
1, скачать pycharm и установка http://www.runoob.com/w3cnote/pycharm-windows-install.html 2, измените файл системных хостов Пути файлов в: C: Windows System32 Драйверы etc Есть файл хостов, от.
Версия SourceTree для Windows без регистрации и использования без входа в систему
описание проблемы После установки SourceTree вам необходимо войти в систему со своей учетной записью при первом использовании, но интерфейс регистрации или входа в систему может вообще не открываться.
Вам также может понравиться
Пример Android Jump к интерфейсу настройки уведомления приложения
4.4 Ниже приведено, что на странице настройки уведомления приложения на страницу приложения можно рассмотреть вопрос о том, чтобы рассмотреть страницу сведений о приложении. Ниже приведен код, который.
IDEA 2020.1 Maven Project Use Annotation Bulid сообщает об ошибке, проект не сообщает об ошибке
Различные попытки повторно импортировать или использование, потому что сервер не нашел гарантии JAR, когда сервер был скомпилирован, настройка настройки ->.
Вью-роутер вложенный маршрут
Сначала преобразуйте код навигации в App.vue Во-вторых, переписать страницу компонентов / hi.vue (используя роутер-просмотр) Измените Hi.vue на общий шаблон, добавьте тег и укажите.
Разговор в начале лета: не наступайте на белый блок классических игр — небольшой проект (C / C ++) (1.0.01)
Для человека, который играет в классные игры и предпочитает создавать игры, так здорово иметь возможность самому написать более значимую классическую игру. В индустрии программирования величайшим чувс.
Источник: russianblogs.com