ИнфоЖурнал — InfoLog системы eGroupware позволяет вести список дел, планируемых и выполняемых пользователями системы, причём пользователи могут назначать («делегировать») задания друг другу и представляет собой упрощенную систему назначения поручений с контролем выполнения.
ИнфоЖурнал тесно интегрирован с другими компонентами EGW – Адресной книгой, Календарём, Электронной почтой и системой Управления проектами (Менеджером проектов), которые образуют ядро EGW.
Однако ИнфоЖурнал может быть использован и сам по себе для управления в едином интерфейсе различными задачами – заданиями, заметками и действиями типа «позвонить» и «отправить письмо», как нечто, вроде внутреннего документооборота (без использования внешних каналов связи) и имеет для этой цели следующие возможности:
- Назначение задач и получение отчётов об их выполнении.
- Обмен файлами
- Фиксация истории взаимодействия пользователей
Категории для задач позволяют разделять задачи по различным признакам, например, по их характеру. Список категорий может формироваться любым участниками группы. В то же время ИнфоЖурнал использует общие (глобальные) категории для всего контента, используемого в EGW, которые создаёт администратор системы.
Расчет жд тарифа Инфолог
К записям ИнфоЖурнала можно присоединять файлы, которые записываются в виртуальной файловой системе (VFS) EGW и доступны в файловом менеджере в подкаталогах каталога /apps/infolog/.
Визуальные возможности Infolog — Инфожурнала:
- Формировать бизнес-процессы из отдельных типов задач
- Использовать предустановленный фильтр критериев для управления задачами
- Создавать поля статуса связанные с типом задачи и дополнительные поля
- Гибкая фильтрация по владельцу / ответственному, дате последнего изменения, категории, проекту, приоритету, типу и статусу
- Визуализировать ссылки и вложенные файлы
- Аналог CRM — показывать задачи в разрезе контактов/организаций
- Показывать задачи в календаре в качестве события
- Ограничение видимых строк и ширину столбцов полей описания
- Выбор отображаемые столбцы
Функциональные возможности Infolog — Инфожурнала:
- Создавать задачи и подзадачи
- Делегировать задачи пользователям и/или группам
- Устанавливать даты начала и даты окончания
- Устанавливать статусы, приоритеты, и проценты завершения задач
- Связывать задачи с другими данными в EGroupware например, контактами и проектами
- Получать предварительно заполненный табель рабочего времени записи по щелчку мыши
- Использовать общий прайс-лист для формирования табеля
- Прикреплять файлы к задаче
- Быстрый доступ к файловому хранилищу InfoLog
- Просмотр версий прикрепленных файлов, восстановление удаленных файлов
- Преобразование сообщений электронной почты в записи InfoLog
- Управлять несколькими задачами одновременно
- Получать автоматические уведомления по электронной почте по событиям
- Функции копирования и печати
- Полнотекстовый поиск
Возможности по обеспечению безопасности Infolog — Инфожурнала:
Программа складского учета MTC. Все для складского учета и анализа торговли
- Функции хранения истории
- ACL — уточненные списки контроля доступа
- Категории настроек: обязательные, по умолчанию и личные
Источник: www.oslogic.ru
Инфологи
Инфологи представляют собой независимо разработанные синтетические гены, происходящие от одного или нескольких генов, в которые систематически включены замены максимизировать информацию. Infologs предназначены для идеального распределения разнообразия для максимальной эффективности поиска.
Типичные методы белковой инженерии основаны на скрининге большого количества (10-10 или более) вариантов генов для выявления лиц с улучшенной активностью с использованием суррогатного высокопроизводительного скрининга (HTP) для определения начального хиты. К сожалению, результаты определяются тем, на что проводится скрининг, поэтому «попадание» из скрининга HTP часто имеет очень небольшую реальную активность в анализе с меньшей пропускной способностью, что свидетельствует об улучшенной функциональности, для которой разрабатывается белок. Адаптируя стандартные алгоритмы разработки сложных систем для работы с биологическими системами, полученный процесс позволяет исследователям деконволютировать, как замены в последовательности белка изменяют ее функцию. Сочетание этих алгоритмов с интегрированным механизмом запроса и ранжирования позволяет идентифицировать соответствующие замены последовательностей. Infologs относится к набору разработанных генов, единичное использование Infolog описывает индивидуальный вариант.
Инфологи показывают полное разнообразие пространственного распределения
Родословная
Гомология между последовательностями белка или ДНК определяется с точки зрения общего происхождения. Два сегмента ДНК могут иметь общее происхождение из-за события видообразования (ортологи) или события дублирования (паралоги).
Гомологи — это сходные гены и / или белки, родственные по происхождению.
Ортологи — это «один и тот же» ген, но от разных организмов. Гомологические последовательности являются ортологичными, если они были разделены событием видообразования: когда вид разделяется на два отдельных вида, копии одного гена в двух результирующих видах называются ортологичными. Ортологи или ортологичные гены — это гены у разных видов, которые произошли в результате вертикального спуска от одного гена последнего общего предка. Термин «ортолог» был придуман в 1970 году Уолтером Фитчем.
Паралоги — это родственные гены, происходящие из одного гена, который в результате дупликации превратился в два гена, которые со временем развились для двух отдельных функций (или, согласно недавняя научная статья, беспорядочный стартовый ген, который дублировался, и каждая копия развивалась в соответствии с различными функциями). Паралоги обычно выполняют ту же или похожую функцию, но иногда их нет: из-за отсутствия изначального избирательного давления на одну копию дублированного гена, эта копия может изменяться и приобретать новые функции. Паралоги обычно встречаются внутри одного и того же вида.
Ксенологи представляют собой гомологи, полученные в результате горизонтального переноса генов между двумя организмами. Ксенологи могут иметь разные функции, если новая среда сильно отличается для горизонтально движущегося гена. В целом, однако, ксенологи обычно выполняют сходные функции у обоих организмов.
Инфологи представляют собой похожие гены и / или белки, которые связаны синтетическим происхождением, чтобы приблизиться к распределению идеального разнообразия.
Характеристики
- Непосредственная оптимизация для работы в конечном приложении
- Не требует экранов с высокой пропускной способностью (HTP)
- Отображение небольшого количества вариантов (50-200) непосредственно для желаемой функции
- Снижение количества ложноположительных результатов: варианты, идентифицированные скринингами HTP, которые не сохраняют активность в «реальном» анализе
- Снижение потери потенциальных положительных результатов из-за ошибки скрининга или плохой корреляции между Скрининг HTP и «настоящий» анализ
- Коллекции биоразнообразия не требуются, все синтезируется по мере необходимости
- Связь последовательность-функция обеспечивает основу для сильных патентных заявлений о составе вещества.
Случай исследование
Преобразование белковой инженерии с помощью Infologs:
Использование независимо разработанных синтетических генов, в которые систематически включены замены (Infologs), приводит к единообразной выборке, систематической дисперсии и неограниченным информационным результатам. Глутатион-S-трансферазы (GST) пшеницы со способностью детоксифицировать панель обычных гербицидов была разработана с использованием этого запатентованного метода биоинженерии. Относительный функциональный вклад 60 аминокислотных замен против 14 гербицидов был количественно определен с использованием только 96 Infologs и значительно улучшен с помощью небольшого набора (16) Infologs 2-го поколения. Кроме того, были созданы высокопрогнозируемые модели функции-последовательности GST против двух коммерчески значимых гербицидов с количественной оценкой относительного функционального вклада 60 аминокислотных замен в двух измерениях.
Гомологи: встречающиеся в природе гены, имеющие общее происхождение и общие черты. Разнообразие предвзято и несистематично. 
Инфологи: Независимо разработанные синтетические гены, полученные из одного или нескольких генов, в которые систематически включаются замены для максимизации информации. Инфологи предназначены для идеального распределения разнообразия для максимальной эффективности поиска. Сравнение гомологов и инфологов
Рациональный дизайн белков
В рациональном дизайне белков ученый использует подробные знания структуры и функции белок, чтобы внести желаемые изменения. Обычно это имеет то преимущество, что оно технически простое и недорогое, поскольку методы сайт-направленного мутагенеза хорошо разработаны. Однако его главный недостаток заключается в том, что подробные структурные сведения о белке часто недоступны, и даже когда они доступны, может быть чрезвычайно трудно предсказать эффекты различных мутаций.
Расчетный дизайн белка алгоритмы стремятся идентифицировать новые аминокислотные последовательности, которые имеют низкую энергию при свертывании до предварительно заданной целевой структуры. В то время как пространство конформации последовательностей, которое необходимо найти, велико, наиболее сложным требованием для компьютерного дизайна белка является быстрая, но точная функция энергии, которая может отличать оптимальные последовательности от подобных субоптимальных.
См. Также
- OrthoDB
- Фолдинг белка
- Синтетическая биология
Ссылки
Дополнительная литература
- Биокатализ GRC, 2014: систематическое исследование пространства последовательностей для инженерии белков Плакат
- Чен, Фэй; Gaucher, Eric A.; Leal, Nicole A.; Хаттер, Дэниел; Havemann, Stephanie A.; Говиндараджан, Шридхар; Ортлунд, Эрик А.; Беннер, Стивен А. (2010). «Реконструированные эволюционные адаптивные пути дают полимеразы, принимающие обратимые терминаторы для секвенирования и обнаружения SNP». Труды Национальной академии наук. 107 (5): 1948–53. Bibcode : 2010PNAS..107.1948C. doi : 10.1073 / pnas.0908463107. PMC2804741. PMID20080675.
- Хайнцельман, Пит; Сноу, Кристофер Д.; Смит, Мэтью А.; Юй Синьлинь; Каннан, Арвинд; Boulware, Кевин; Вильялобос, Алан; Говиндараджан, Шридхар; и другие. (2009). «СХЕМА-рекомбинация грибковой целлюлазы обнаруживает единственную мутацию, которая вносит заметный вклад в стабильность». Журнал биологической химии. 284 (39): 26229–33. doi : 10.1074 / jbc.C109.034058. PMC2785310. PMID19625252.
- Хайнцельман, Пит; Сноу, Кристофер Д.; Ву, Индира; Нгуен, Кэтрин; Вильялобос, Алан; Говиндараджан, Шридхар; Миншалл, Джереми; Арнольд, Фрэнсис Х. (2009). «Семейство термостабильных грибковых целлюлаз, созданных путем структурно-управляемой рекомбинации» (PDF). Труды Национальной академии наук. 106 (14): 5610–5. Bibcode : 2009PNAS..106.5610H. doi : 10.1073 / pnas.0901417106. JSTOR40454838. PMC2667002. PMID19307582.
- Ehren, J.; Govindarajan, S.; Морон, Б.; Minshull, J.; Хосла, К. (2008). «Белковая инженерия улучшенных пролилэндопептидаз для лечения глютеновой спру». Разработка и отбор протеинов. 21 (12): 699–707. doi : 10,1093 / протеин / gzn050. PMC2583057. PMID18836204.
- Ляо, Цзюнь; Вармут, Манфред К; Говиндараджан, Шридхар; Несс, Джон Э; Ван, Ребекка П.; Густафссон, Клаас; Миншалл, Джереми (2007). «Разработка протеиназы К с использованием машинного обучения и синтетических генов». BMC Biotechnology. 7 : 16. doi : 10.1186 / 1472-6750-7-16. PMC1847811. PMID17386103.
- Миншалл, Джереми; Несс, Джон Э; Густафссон, Клаас; Говиндараджан, Шридхар (2005). «Прогнозирование функции фермента по последовательности белка». Текущее мнение в химической биологии. 9 (2): 202–9. doi : 10.1016 / j.cbpa.2005.02.003. PMID15811806.
- Густафссон, Клаас; Говиндараджан, Шридхар; Миншалл, Джереми (2003). «Возвращение инженерии к белковой инженерии: биоинформатические подходы к разработке катализаторов». Текущее мнение в области биотехнологии. 14 (4): 366–70. DOI : 10.1016 / S0958-1669 (03) 00101-0. PMID12943844.
Внешние ссылки
- Информационная страница Infologs на DNA2.0
- Презентация конференции по ферментной инженерии: «Использование Infologs для разработки биологических систем»
Источник: alphapedia.ru
Заметки от Геннадия
Infolog это диалоговая система (фрэймворк, набор классов), которую вы можете использовать для вывода сообщений информационных, предупреждающих, об ошибках.
Есть несколько глобальных методов, которые выводят сообщения в InfoLog. Пробуем. Создайте джоб: static void BLG36_Job(Args _args)
Выполни джоб, увидишь типовой набор фраз гопника:
Примечателен метод «checkFailed» , визуально он не отличается от «warning». Но есть особенность: метод всегда возвращает «false», что крайне удобно.
Например, есть метод «checkSomething», проверяющий некоторые условия. Он возвратит «true», если все в порядке, иначе «false». В случае невыполнения условий проверки, нужно также выдать сообщение пользователю: boolean checkSomething() < if (I_Am_A_Moscow_Citizen) return true; else return checkFailed( ‘Понаехали! Москва не резиновая’); >Здесь проверяется булево поле «I_Am_A_Moscow_Citizen»; и, если оно равно «false», метод «checkSomething» возращает «false» и выводит сообщение пользователю одним махом.
Итог:
- InfoLog объект для вывода сообщений пользователю;
- глобальные методы для вывода сообщений: info, warning, checkFailed, error.
- info простое информационное сообщение для пользователя.
- warning, checkFailed предупреждающее сообщение, означает «Случилась какая-то нехорошая вещь, но жить можно».
- error сообщение об ошибке, означает «Все плохо, я не могу так дальше работать, это не выносимо».
Источник: gennadyyun.blogspot.com