Авогадро программа как работать

В следующей статье мы рассмотрим Авогадро. Это бесплатное приложение для молекулярного редактирования с открытым исходным кодом для Gnu / Linux, Windows и MacOS. Это программа, которую можно использовать в вычислительная химия, молекулярное моделирование, биоинформатика, материаловедение и многие другие области.

Приложение используется в ВТК для анализа и визуализации. Он также поддерживает объемное представление для точечных данных или линий разнесения для векторных полей. Он предлагает гибкий высококачественный рендеринг и мощную архитектуру плагинов. Около простое и удобное в использовании программное обеспечение, готовое к использованию студентами и исследователями. Avogadro — это бесплатное программное обеспечение, которое вы можете распространять и / или изменять в соответствии с условиями Стандартной общественной лицензии GNU, опубликованной Free Software Foundation, либо версии 2 Лицензии, либо любой более поздней версии.

Avogadro. Программа 3D моделирования молекул

В отличие от других веб-программ просмотра 2D / 3D молекулярных изображений, Avogadro напрямую использует OpenGL и предлагает собственные пакеты для рабочего стола. Это приложение использует набор стандартов, которые позволяют компьютерным программам использовать функции аппаратного рендеринга 2D / 3D (GPU / ГРАФИЧЕСКИЙ ПРОЦЕССОР). Avogadro поддерживает готовые многопоточные вычисления и обработку, имеет интерактивные инструменты, команды и пользовательские сценарии Python.

• 1 Общие характеристики Авогадро
• 2 Установите Avogadro на Ubuntu
• 3 деинсталляция

Общие характеристики Авогадро

• Это мультиплатформенная программа, поэтому мы можем использовать его в Gnu / Linux, Windows и Mac OSX.
• Есть световая программа предлагая высокую производительность.
• Несмотря на все, что он предлагает, в нем есть минимальные требования к оборудованию.
• Программа переведено на разные языки, как они есть; Китайский, французский, немецкий, итальянский, русский, испанский и др..
• Его интерфейс понятен и проста в использовании.
• Включает в себя большой набор инструменты для измерения, выравнивания, визуализации, манипуляции и рисования.
• Он также предложит нам расширения в комплекте с менеджером расширений.
• Позволит нам импорт из различных приложений.
• Поддерживает множество открытых форматов.

• Мы сможем свериться с периодической таблицей.
• Мы можем строить 2D- и 3D-модели молекул.
• Позволяет вставлять, создавать и изменять готовые модули (ДНК, РНК, фрагмент, улыбки, пептид, полимер).
• Визуализация карт электростатического потенциала.
• Использование анализ атомов в молекулах (Bader): QTAIM и WFN.
• Молекула-поверхность взаимодействия.

• Мы можем манипулировать, измерять и согласовывать с инструментами. Мы также можем рассчитывать на инструменты выбора, автоповорота и автоматической оптимизации.
• команда Avogadro предлагает всем пользователям набор учебные пособия чтобы разработчики могли помогать, компилировать из исходников и вносить ваши расширения. Они также публикуют четкую документацию по API.

Установите Avogadro на Ubuntu

Авогадро доступен как плоский пакет для системы Ubuntu. Перед установкой этой программы мы должны включить эту технологию в нашей системе. Если у вас его все еще нет, но вы используете Ubuntu 20.04, вы можете продолжить гид что коллега написал в этом блоге некоторое время назад.

Если в вашей системе уже включена эта технология, вы можете продолжить установку. Вам просто нужно открыть терминал (Ctrl + Alt + T) и запустить в нем следующую команду, чтобы установить Авогадро:

flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2

После установки вы можете запустить программу ищу питчера в нашей команде. Вы также можете открыть молекулярный редактор Avogadro, используя следующую команду в терминале:

flatpak run org.openchemistry.Avogadro2

деинсталляция

к удалить эту программу, нам нужно будет только открыть терминал (Ctrl + Alt + T) и выполнить в нем команду:

flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2

Avogadro — это продвинутая программа просмотра и редактирования молекул, предназначенная для кроссплатформенного использования в таких областях, как вычислительная химия, молекулярное моделирование, биоинформатика, материаловедение и смежные области. Более того предлагает гибкий качественный рендеринг с мощной архитектурой плагинов.

Это программное обеспечение представляет собой проект с открытым исходным кодом, который предназначен для использования во всем мире без ограничений всеми разработчиками, исследователями и студентами, которые хотят. Может получить больше информации об этой программе на сайт проекта или из вашего страница на GitHub.

Содержание статьи соответствует нашим принципам редакционная этика. Чтобы сообщить об ошибке, нажмите здесь.

Полный путь к статье: Убунлог » Ubuntu » Авогадро, редактируйте и визуализируйте молекулы с помощью этой программы с открытым исходным кодом

Источник: ubunlog.com

Avogadro 2

Avogadro 2 — расширяемое плагинами C++ / Python / QT / OpenGL (GLEW / VTK) графическое приложение для трёхмерного молекулярного моделирования.

Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающих их трёхмерное представление при заданных в расчётах условиях.

Avogadro 2 является значительно переработанной и улучшенной версией оригинального трёхмерного молекулярного редактора Avogadro. Проект начинался как попытка устранения недостатков оригинального приложения, а также добавления функционала имеющегося в современных свободных и коммерческих проектах аналогичного назначения.

Молекулярные редакторы Avogadro и Avogadro 2 можно установить одновременно и использовать без каких либо конфликтов. Приложение предоставляет многочисленные инструменты для использования в вычислительной химии, биоинформатике, металловедению и смежных областях. Основной функционал приложения основан на возможностях Open Babel.

Open Babel — свободная химическая экспертная система разрабатываемая и поддерживаемая сообществом учёных. Проектом предоставляется самостоятельное приложение и встраиваемая библиотека для поиска, конвертации, анализу и хранению данных по молекулярному моделированию, химии, твердотельным материалам, биохимии или смежным областям.

Avogadro 2 имеет удобный и частично настраиваемый пользовательский интерфейс (перемещаемые и отключаемые панели инструментов), редактор позволяет легко построить или изменить структуру молекулы, обеспечивает отличное качество отображение молекул и белковых структур, поддерживается просмотр и редактирование трёхмерных структур большинства наиболее популярных форматов (таких как *.cml, *.cif, *.mol, *.sd, *.sdf, *.pdb, *.ent, *.vis, *.xyz и пр).

Несмотря на продолжающуюся активную разработку и регулярное добавление нового функционала Avogadro 2 уже является надёжным и стабильным решением для трёхмерного молекулярного моделирования. Разработка приложения ведётся при финансовой поддержке Kitware, Inc (компания специализирующаяся на научных исследованиях с использованием свободного программного обеспечения).

Лицензия: Public Domain / Artistic License / GNU GPLv2

Источник: zenway.ru

Avogadro 1.0.1 (FreeWare) — 3D визуализация

Avogadro — расширенный молекулярный редактор, разработанный для использования на нескольких платформах (в частности на ОС Windows), по вычислительной химии, молекулярному моделированию, биоинформатике, науке о материалах и др.

Похожие разделы

1. Абитуриентам и школьникам
2. ВНО / ЗНО
3. ЗНО по химии

1. Абитуриентам и школьникам
2. ЕГЭ
3. ЕГЭ по химии

1. Абитуриентам и школьникам
2. ОГЭ / ГИА / ДПА
3. ОГЭ / ГИА / ДПА по химии

1. Абитуриентам и школьникам
2. Химия

1. Академическая и специальная литература
2. Автоматизация
3. Автоматизация химической промышленности

1. Академическая и специальная литература
2. Безопасность жизнедеятельности и охрана труда
3. Охрана труда на предприятии
4. Охрана труда в химической промышленности

1. Академическая и специальная литература
2. Безопасность жизнедеятельности и охрана труда
3. Пожаровзрывобезопасность
4. Пожаровзрывобезопасность на производствах
5. Пожаровзрывобезопасность в химической промышленности

1. Академическая и специальная литература
2. Безопасность жизнедеятельности и охрана труда
3. Радиационная, химическая и биологическая безопасность

1. Академическая и специальная литература
2. Биологические дисциплины
3. Биохимия

1. Академическая и специальная литература
2. Геологические науки и горное дело
3. Геохимия

1. Академическая и специальная литература
2. Медицинские дисциплины
3. Фармацевтика
4. Медицинская химия и разработка лекарств

1. Академическая и специальная литература
2. Медицинские дисциплины
3. Фармацевтика
4. Фармацевтическая и токсикологическая химия

1. Академическая и специальная литература
2. Наноматериалы и нанотехнологии
3. Нанохимия

1. Академическая и специальная литература
2. Науки о Земле
3. Гидрология
4. Гидрохимия

1. Академическая и специальная литература
2. Науки о Земле
3. Почвоведение
4. Химия почв

1. Академическая и специальная литература
2. Педагогика
3. Методики преподавания
4. Методика преподавания химии

1. Академическая и специальная литература
2. Пищевая промышленность
3. Пищевая химия

1. Академическая и специальная литература
2. Сельское хозяйство
3. Агрохимия

1. Академическая и специальная литература
2. Транспорт
3. Двигатели внутреннего сгорания (ДВС)
4. Химмотология горюче-смазочных материалов

1. Академическая и специальная литература
2. Экологические дисциплины
3. Обращение с отходами
4. Сточные воды и их очистка
5. Промышленные сточные воды и их очистка
6. Очистка сточных вод предприятий химической промышленности

1. Академическая и специальная литература
2. Экологические дисциплины
3. Экологическая химия

1. Академическая и специальная литература
2. Языки и языкознание
3. Английский язык
4. Для специалистов / English for Specific Purposes
5. Для химических специальностей / English for Chemistry

1. Стандарты
2. Межгосударственные стандарты (МС)
3. МС (ГОСТ) Химия и химическая промышленность

1. Стандарты
2. Стандарты России
3. ГОСТ
4. ГОСТ Химия и химическая промышленность

1. Стандарты
2. Стандарты России
3. ГОСТ Р
4. ГОСТ Р Химия и химическая промышленность

1. Стандарты
2. Стандарты России
3. Технические условия (ТУ)
4. ТУ Химия и химическая промышленность

1. Учебные планы, программы и нормативная документация
2. Для средней школы
3. Химия

1. Учебные планы, программы и нормативная документация
2. Химия и химическая промышленность

Смотрите также

Таблица Менделеева для Андроида V1.5.1

• формат zip
• размер 1.06 МБ
• добавлен 29 июня 2011 г.

Изучайте таблицу Менделеева вместе с Сократикой. Более 30 фактов о каждом элементе. Аудиоклипы с названиями элементов. Проверьте свои знания, пройдя тест. Быстрый доступ к нужному элементу через таблицу, поиск или индекс.

Русский интерфейс: Да Системные требования (Android OS all). Лицензия (freeware). Автор неизвестен.rn

ACD ChemSketch 10 (Freeware version)

• формат exe
• размер 24.37 МБ
• добавлен 13 мая 2011 г.

Удобный химический редактор для написания статей, рефератов, оформления курсовых и дипломных работ; компания Advanced Chemical Development (ACD/Labs) предоставляет его в бесплатное пользование для образовательных целей. ChemSketch — редактор химических структур с возможностью работы с Internet-базами химических соединений ( PubChem и eMolecules), расчёта основных параметров соединения, построения и просмотра 3D-изображений молекул. Для начала.

ChemCraft v.1.6 (ShareWare) — 3D визуализация молекул

• формат exe
• размер 2.37 МБ
• добавлен 13 октября 2010 г.

ChemCraft — квантово-химический визуализатор, который понимает множество форматов химических данных, выводы большинства популярных программ (таких, в частности, как GAMESS и Gaussian); имеет прекрасный «дружественный» интерфейс, большое количество отображаемых свойств, начиная от длин связей и до рендеринга молекулярных орбиталей и нормальных колебаний. Множество стилей отображения молекул позволяют получить изображения нужного качества. ChemCraf.

ChemPen3D 1.9.0.9 (ShareWare) — 3D визуализация молекул

• формат rar
• размер 1.57 МБ
• добавлен 13 октября 2010 г.

Программа, предназначенная для создания 3D-моделей молекул. Содержит встроенный модуль квантово-химической минимизации энергии системы. Нарисованную модель можно вращать, сообщить ей колебательные движения. Можно нарисовать обычную двухмерную структурную формулу, после чего посмотреть ее в трехмерном виде, сохранить в различных форматах (в т. ч. JPEG, BMP). ChemPen3D 1.9.0.9 — (*.zip) — 1,47 Мб. Русификатор ChemPen3D 1.9.0.9 (101 Кб)rn

ChemSite 3.01 (FreeWare) — 3D визуализация молекул

• формат txt, exe
• размер 2.5 МБ
• добавлен 13 октября 2010 г.

Программа для создания 3D-моделей молекул. В этой программе легко построить структуру любого органического соединения, поскольку она содержит множество инструментов: функциональные группы, аминокислоты, нуклеиновые кислоты, углеводы и др. Каждый структурный фрагмент можно добавить на экран или присоединить к любому атому. Щелчок по кнопке «H» автоматически добавит все атомы водорода. С помощью инструмента «Эскиз» легко построить любую структуру п.

Orbital Viewer 1.04 (FreeWare) — 3D визуализация орбиталей атомов и молекул

• формат exe
• размер 553.24 КБ
• добавлен 13 октября 2010 г.

Orbital Viewer — программа, созданная специально для визуализации орбиталей. Строит s, p, d, f — орбитали для одного или нескольких атомов. Файлы могут быть сохранены как в собственном формате, так и в форматах TIFF, PPM, BMP, AVI и формате VRML. Программа распространяется бесплатно. Обратите внимание: если после русификации Панель инструментов не отображается, зайдите в меню Файл / Настроить панель инструментов и нажмите на кнопку Сброс — програ.

RasMol 2.7.5 (FreeWare) — 3D визуализация молекул

• формат exe
• размер 862.32 КБ
• добавлен 13 октября 2010 г.

Компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот. RasMol продолжают активно использовать молекулярные биологи и биоинформатики. Благодаря простой и логичной структуре пользовательского интерфейса, программа проста для освоения. Система команд (язык RasMol’а) использу.

XtalDraw 1.0 (FreeWare) — 3D визуализация молекул и кристаллических структур

• формат exe
• размер 1.77 МБ
• добавлен 13 октября 2010 г.

XtalDraw — программа для визуализации кристаллических и молекулярных структур в виде шаростержневых моделей, многогранников и объемных моделей. Программа содержит большой набор файлов данных, поддерживает не только файлы данных XtalDraw, но и американские минералогические базы данных (American Mineralogist Crystal Structure Database). XtalDraw с большой достоверностью показывает, что большинство неорганических веществ имеет немолекулярное строени.

Источник: www.studmed.ru